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利用长读测序技术鉴定转录和 RNA 加工之间的调控关系。

Identification of regulatory links between transcription and RNA processing with long-read sequencing.

机构信息

Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics, 79108 Freiburg, Germany; Faculty of Biology, Albert Ludwig University, 79104 Freiburg, Germany; International Max Planck Research School for Molecular and Cellular Biology (IMPRS- MCB), 79108 Freiburg, Germany.

Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics, 79108 Freiburg, Germany.

出版信息

STAR Protoc. 2023 Dec 15;4(4):102505. doi: 10.1016/j.xpro.2023.102505. Epub 2023 Sep 20.

DOI:10.1016/j.xpro.2023.102505
PMID:37733595
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10517278/
Abstract

We present a detailed protocol for sequencing full-length mRNA isoforms using the Oxford nanopore long-read sequencing technology. We describe steps for poly(A) RNA isolation, library preparation, and cDNA size selection. We then detail procedures for sequencing and processing and a computational framework to identify exon couplings and assign mRNA 5' ends and 3' ends to each other. Our approach enables the identification of links between transcription initiation and co-transcriptional RNA processing events. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Alfonso-Gonzalez et al..

摘要

我们提出了一个使用牛津纳米孔长读测序技术对全长 mRNA 异构体进行测序的详细方案。我们描述了聚（A）RNA 分离、文库制备和 cDNA 大小选择的步骤。然后，我们详细介绍了测序和处理的程序，以及一个计算框架，用于识别外显子连接，并将每个 mRNA 的 5' 端和 3' 端彼此对应。我们的方法能够识别转录起始与共转录 RNA 加工事件之间的联系。有关此方案的使用和执行的完整详细信息，请参阅 Alfonso-Gonzalez 等人的研究。

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