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使用So-Smart-seq从单个植入前胚胎捕获完整转录组的方案。

Protocol for capturing a full transcriptome from single preimplantation embryos using So-Smart-seq.

作者信息

Wei Chunyao, Lee Jeannie T

机构信息

Department of Molecular Biology, Massachusetts General Hospital, Boston, MA 02114, USA; Department of Genetics, Harvard Medical School, Boston, MA 02115, USA.

出版信息

STAR Protoc. 2025 Mar 21;6(1):103540. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103540. Epub 2025 Jan 4.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103540
PMID:39756032
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11758199/
Abstract

Strand-optimized Smart-seq (So-Smart-seq) can capture a comprehensive transcriptome from low-input samples. This technique detects both polyadenylated and non-polyadenylated RNAs, inclusive of repetitive RNAs, while excluding highly abundant ribosomal RNAs. So-Smart-seq preserves strand information and minimizes 5' to 3' coverage bias. We describe steps for the analysis of single mouse preimplantation embryos, including embryo isolation, library preparation, ribosomal cDNA depletion, and initial data processing. The protocol may be adapted for other low-input samples and the detection of small RNAs of <200 nt. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Wei et al..

摘要

链优化的Smart-seq（So-Smart-seq）能够从低输入量样本中捕获全面的转录组。该技术可检测多聚腺苷酸化和非多聚腺苷酸化RNA，包括重复RNA，同时排除高丰度核糖体RNA。So-Smart-seq保留链信息并将5'到3'的覆盖偏差降至最低。我们描述了分析单个小鼠植入前胚胎的步骤，包括胚胎分离、文库制备、核糖体cDNA去除和初始数据处理。该方案可适用于其他低输入量样本以及检测小于200 nt的小RNA。有关此方案使用和执行的完整详细信息，请参考Wei等人的研究。

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