Student Research Committee, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran.
Immunology Research Center, Tabriz University of Medical Sciences, Tabriz, Iran.
Sci Rep. 2024 Jan 2;14(1):27. doi: 10.1038/s41598-023-45249-2.
Glioblastoma multiforme (GBM) is a highly aggressive primary brain tumor. Recent findings highlighted the significance of viral microRNAs (miRs) in regulating post-transcriptional mRNA expression in various human conditions. Although HSV1 encodes viral miRs and affects the central nervous system, no study investigated the roles of HSV1-encoding miRs in GBM development. This study applied in silico approaches to investigate whether HSV1-encoding miRs are involved in GBM development and, if so, how they regulate tumor-suppressive/oncogenes expression in GBM. This study leveraged bioinformatics approaches to identify the potential effect of HSV1 miRs in GBM development. The GSE158284, GSE153679, and GSE182109 datasets were analyzed to identify differentially expressed genes in GBM tissues and cell lines using the limma package in the R software. The GSE182109 dataset was analyzed to determine gene expression at the single-cell levels using the Seurat package in the R software. The TCGA-GTEX, GDSC, CTRP, immunogenetic, and enrichment analyses were performed to study the impact of identified viral HSV1 miRs targets in GBM development. hsv1-miR-H6-3p is upregulated in GBM and can be responsible for EPB41L1 and SH3PXD2A downregulation in GBM tissues. Also, hsv1-miR-H1-5p is upregulated in GBM and can decrease the expression of MELK, FZD2, NOVA1, TMEM97, PTPRZ1, and PDGFC in GBM development. The single-cell RNA sequencing analyses have demonstrated that MELK, FZD2, NOVA1, TMEM97, PTPRZ1, and PDGFC are expressed in astrocytes residing in the GBM microenvironment. This study provides novel insights into the potential roles of HSV1 miRs in GBM pathogenesis and offers a reference for further studies on the significance of HSV1 miRs in GBM development.
胶质母细胞瘤（GBM）是一种高度侵袭性的原发性脑肿瘤。最近的研究结果强调了病毒 microRNAs（miRs）在调节各种人类疾病中转录后 mRNA 表达的重要性。虽然 HSV1 编码病毒 miR，并影响中枢神经系统，但尚无研究调查 HSV1 编码 miR 在 GBM 发展中的作用。本研究应用计算机分析方法来研究 HSV1 编码 miR 是否参与 GBM 发展，如果是，它们如何调节 GBM 中肿瘤抑制/癌基因的表达。本研究利用生物信息学方法来确定 HSV1 miR 在 GBM 发展中的潜在影响。使用 R 软件中的 limma 包分析 GSE158284、GSE153679 和 GSE182109 数据集，以鉴定 GBM 组织和细胞系中的差异表达基因。使用 R 软件中的 Seurat 包分析 GSE182109 数据集，以确定单细胞水平的基因表达。进行 TCGA-GTEX、GDSC、CTRP、免疫遗传和富集分析，以研究鉴定的病毒 HSV1 miR 靶标在 GBM 发展中的影响。hsv1-miR-H6-3p 在 GBM 中上调，可能导致 GBM 组织中 EPB41L1 和 SH3PXD2A 的下调。此外，hsv1-miR-H1-5p 在 GBM 中上调，可降低 MELK、FZD2、NOVA1、TMEM97、PTPRZ1 和 PDGFC 在 GBM 发展中的表达。单细胞 RNA 测序分析表明，MELK、FZD2、NOVA1、TMEM97、PTPRZ1 和 PDGFC 在位于 GBM 微环境中的星形胶质细胞中表达。本研究为 HSV1 miR 在 GBM 发病机制中的潜在作用提供了新的见解，并为进一步研究 HSV1 miR 在 GBM 发展中的意义提供了参考。
