使用 AID2 系统在 C. elegans 中合成生长素类似物 5-Ph-IAA 以进行条件性蛋白缺失的方案。

Protocol to synthesize the auxin analog 5-Ph-IAA for conditional protein depletion in C. elegans using the AID2 system.

机构信息

Department of Biological Sciences, Howard Hughes Medical Institute, Columbia University, New York, NY 10027, USA.

Department of Chemistry, Columbia University, New York, NY 10027, USA.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Mar 15;5(1):102901. doi: 10.1016/j.xpro.2024.102901. Epub 2024 Feb 19.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.102901

PMID:38377002

原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC10884774/

Abstract

The auxin-inducible degron (AID) system is a broadly used tool for spatiotemporal and reversible control of protein depletion in multiple experimental model systems. AID2 technology relies on a synthetic ligand, 5-phenyl-indole-3-acetic acid (5-Ph-IAA), for improved specificity and efficiency of protein degradation. Here, we provide a protocol for cost-effective 5-Ph-IAA synthesis utilizing the Suzuki coupling of 5-chloroindole and phenylboronic acid. We describe steps for evaluating the quality of lab-synthesized 5-Ph-IAA using a C. elegans AID2 tester strain.

摘要

生长素诱导降解结构域（AID）系统是一种广泛用于在多个实验模型系统中进行时空和可逆的蛋白质消耗控制的工具。AID2 技术依赖于一种合成配体，5-苯基吲哚-3-乙酸（5-Ph-IAA），以提高蛋白质降解的特异性和效率。在这里，我们提供了一种使用 5-氯吲哚和苯硼酸的 Suzuki 偶联反应来合成经济高效的 5-Ph-IAA 的方案。我们描述了使用 C. elegans AID2 测试菌株评估实验室合成的 5-Ph-IAA 质量的步骤。