• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

更新了RDP分类法和RDP分类器,以实现更准确的分类学分类。

Updated RDP taxonomy and RDP Classifier for more accurate taxonomic classification.

作者信息

Wang Qiong, Cole James R

机构信息

Health & Biosciences, International Flavors & Fragrances, Inc., Wilmington, Delaware, USA.

Department of Plant, Soil and Microbial Sciences, Center for Microbial Ecology, Michigan State University, East Lansing, Michigan, USA.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2024 Apr 11;13(4):e0106323. doi: 10.1128/mra.01063-23. Epub 2024 Mar 4.

DOI:10.1128/mra.01063-23
PMID:38436268
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11008197/
Abstract

The RDP Classifier is one of the most popular machine learning approaches for taxonomic classification due to its robustness and relatively high accuracy. Both the RDP taxonomy and RDP Classifier have been updated to incorporate newly described taxa and recent changes to prokaryotic nomenclature.

摘要

RDP分类器是用于分类学分类的最流行的机器学习方法之一,因为它具有鲁棒性和相对较高的准确性。RDP分类法和RDP分类器都已更新,以纳入新描述的分类单元以及原核生物命名法的最新变化。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b8f6/11008197/affcc54e40a4/mra.01063-23.f001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b8f6/11008197/affcc54e40a4/mra.01063-23.f001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/b8f6/11008197/affcc54e40a4/mra.01063-23.f001.jpg

相似文献

1
Updated RDP taxonomy and RDP Classifier for more accurate taxonomic classification.更新了RDP分类法和RDP分类器,以实现更准确的分类学分类。
Microbiol Resour Announc. 2024 Apr 11;13(4):e0106323. doi: 10.1128/mra.01063-23. Epub 2024 Mar 4.
2
Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy.用于将rRNA序列快速分类到新细菌分类学中的朴素贝叶斯分类器。
Appl Environ Microbiol. 2007 Aug;73(16):5261-7. doi: 10.1128/AEM.00062-07. Epub 2007 Jun 22.
3
Using the RDP classifier to predict taxonomic novelty and reduce the search space for finding novel organisms.利用 RDP 分类器预测分类学新颖性并缩小寻找新生物的搜索空间。
PLoS One. 2012;7(3):e32491. doi: 10.1371/journal.pone.0032491. Epub 2012 Mar 5.
4
IDTAXA: a novel approach for accurate taxonomic classification of microbiome sequences.IDTAXA:一种用于微生物组序列准确分类的新方法。
Microbiome. 2018 Aug 9;6(1):140. doi: 10.1186/s40168-018-0521-5.
5
To compare the performance of prokaryotic taxonomy classifiers using curated 16S full-length rRNA sequences.比较使用经过整理的 16S 全长 rRNA 序列的原核分类器的性能。
Comput Biol Med. 2022 Jun;145:105416. doi: 10.1016/j.compbiomed.2022.105416. Epub 2022 Mar 17.
6
Construction & assessment of a unified curated reference database for improving the taxonomic classification of bacteria using 16S rRNA sequence data.构建和评估统一的经过精心整理的参考数据库,以提高使用 16S rRNA 序列数据的细菌分类学分类。
Indian J Med Res. 2020 Jan;151(1):93-103. doi: 10.4103/ijmr.IJMR_220_18.
7
GSR-DB: a manually curated and optimized taxonomical database for 16S rRNA amplicon analysis.GSR-DB:一个用于16S rRNA扩增子分析的人工整理和优化的分类数据库。
mSystems. 2024 Feb 20;9(2):e0095023. doi: 10.1128/msystems.00950-23. Epub 2024 Jan 8.
8
TUIT, a BLAST-based tool for taxonomic classification of nucleotide sequences.TUIT,一个基于 BLAST 的核苷酸序列分类学工具。
Biotechniques. 2014 Feb 1;56(2):78-84. doi: 10.2144/000114135. eCollection 2014.
9
Optimizing taxonomic classification of marker-gene amplicon sequences with QIIME 2's q2-feature-classifier plugin.利用 QIIME 2 的 q2-feature-classifier 插件优化标记基因扩增子序列的分类学分类。
Microbiome. 2018 May 17;6(1):90. doi: 10.1186/s40168-018-0470-z.
10
16S-ITGDB: An Integrated Database for Improving Species Classification of Prokaryotic 16S Ribosomal RNA Sequences.16S-ITGDB:一个用于改进原核生物16S核糖体RNA序列物种分类的综合数据库。
Front Bioinform. 2022 Aug 3;2:905489. doi: 10.3389/fbinf.2022.905489. eCollection 2022.

引用本文的文献

1
The Use of Chitosan/Perlite Material for Microbial Support in Anaerobic Digestion of Food Waste.壳聚糖/珍珠岩材料在厨余垃圾厌氧消化中作为微生物载体的应用
Materials (Basel). 2025 Jul 26;18(15):3504. doi: 10.3390/ma18153504.
2
An Indole-Rich Postbiotic Reduces Itching in Dogs: A Randomized, Double-Blinded Placebo-Controlled Study.一种富含吲哚的后生元可减轻犬类瘙痒:一项随机、双盲、安慰剂对照研究。
Animals (Basel). 2025 Jul 9;15(14):2019. doi: 10.3390/ani15142019.
3
The Effects of Dietary Supplementation of Chestnut Tannic Acid on the Growth Performance, Gut Morphology and Microbiota of Weaned Piglets.

本文引用的文献

1
SeqCode: a nomenclatural code for prokaryotes described from sequence data.序列码:一种基于序列数据描述的原核生物命名代码。
Nat Microbiol. 2022 Oct;7(10):1702-1708. doi: 10.1038/s41564-022-01214-9. Epub 2022 Sep 19.
2
To compare the performance of prokaryotic taxonomy classifiers using curated 16S full-length rRNA sequences.比较使用经过整理的 16S 全长 rRNA 序列的原核分类器的性能。
Comput Biol Med. 2022 Jun;145:105416. doi: 10.1016/j.compbiomed.2022.105416. Epub 2022 Mar 17.
3
Valid publication of the names of forty-two phyla of prokaryotes.
日粮添加栗木单宁酸对断奶仔猪生长性能、肠道形态和微生物群的影响
Metabolites. 2025 Jul 15;15(7):477. doi: 10.3390/metabo15070477.
4
Complete and nearly complete genome sequences of seven strains of and isolated from rice panicles in Vietnam.从越南水稻穗中分离出的7株[具体物种名称缺失]和[具体物种名称缺失]的完整及近乎完整的基因组序列。
Microbiol Resour Announc. 2025 Jun 18:e0038825. doi: 10.1128/mra.00388-25.
5
Acute Effect of Short-Term Benzocaine Anesthesia on the Skin Mucus Microbiome of Atlantic salmon ().短期苯佐卡因麻醉对大西洋鲑鱼皮肤黏液微生物群的急性影响()。
Animals (Basel). 2025 May 27;15(11):1566. doi: 10.3390/ani15111566.
6
Seasonality and Vertical Structure of Microbial Communities in Alpine Wetlands.高山湿地微生物群落的季节性和垂直结构
Microorganisms. 2025 Apr 23;13(5):962. doi: 10.3390/microorganisms13050962.
7
Individual and Combined Effects of 2'-Fucosyllactose and Bifidobacterium longum subsp. infantis on the Gut Microbiota Composition of Piglets.2'-岩藻糖基乳糖与婴儿双歧杆菌亚种对仔猪肠道微生物群组成的个体及联合作用
J Nutr. 2025 Feb;155(2):509-522. doi: 10.1016/j.tjnut.2024.12.022. Epub 2024 Dec 27.
8
Breed-specific responses to coccidiosis in chickens: identification of intestinal bacteria linked to disease resistance.鸡对球虫病的品种特异性反应:与抗病性相关的肠道细菌鉴定
J Anim Sci Biotechnol. 2025 May 8;16(1):65. doi: 10.1186/s40104-025-01202-z.
9
Association of Microbial Networks with the Coastal Seafloor Macrofauna Ecological State.微生物网络与沿海海底大型底栖动物生态状态的关联
Environ Sci Technol. 2025 Apr 22;59(15):7517-7529. doi: 10.1021/acs.est.4c12464. Epub 2025 Apr 11.
10
Intraspecific plant-soil feedbacks alter root traits in a perennial grass.种内植物-土壤反馈改变多年生禾本科植物的根系性状。
bioRxiv. 2025 Mar 14:2025.03.11.642669. doi: 10.1101/2025.03.11.642669.
公布 42 个原核生物门的有效名称。
Int J Syst Evol Microbiol. 2021 Oct;71(10). doi: 10.1099/ijsem.0.005056.
4
Release LTP_12_2020, featuring a new ARB alignment and improved 16S rRNA tree for prokaryotic type strains.发布 LTP_12_2020,其中包括新的 ARB 比对和改进的原核模式菌株 16S rRNA 树。
Syst Appl Microbiol. 2021 Jul;44(4):126218. doi: 10.1016/j.syapm.2021.126218. Epub 2021 May 24.
5
List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN) moves to the DSMZ.《具有命名地位的原核生物名称列表》(LPSN)迁至 DSMZ。
Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Nov;70(11):5607-5612. doi: 10.1099/ijsem.0.004332. Epub 2020 Jul 23.
6
Fungal identification using a Bayesian classifier and the Warcup training set of internal transcribed spacer sequences.使用贝叶斯分类器和Warcup内部转录间隔区序列训练集进行真菌鉴定。
Mycologia. 2016 Jan-Feb;108(1):1-5. doi: 10.3852/14-293. Epub 2015 Nov 9.
7
rrnDB: improved tools for interpreting rRNA gene abundance in bacteria and archaea and a new foundation for future development.rrnDB:用于解释细菌和古细菌中rRNA基因丰度的改进工具以及未来发展的新基础。
Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D593-8. doi: 10.1093/nar/gku1201. Epub 2014 Nov 20.
8
Ribosomal Database Project: data and tools for high throughput rRNA analysis.核糖体数据库项目:高通量 rRNA 分析的数据和工具。
Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D633-42. doi: 10.1093/nar/gkt1244. Epub 2013 Nov 27.
9
Accurate, rapid taxonomic classification of fungal large-subunit rRNA genes.准确、快速的真菌大亚基 rRNA 基因分类。
Appl Environ Microbiol. 2012 Mar;78(5):1523-33. doi: 10.1128/AEM.06826-11. Epub 2011 Dec 22.
10
Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy.用于将rRNA序列快速分类到新细菌分类学中的朴素贝叶斯分类器。
Appl Environ Microbiol. 2007 Aug;73(16):5261-7. doi: 10.1128/AEM.00062-07. Epub 2007 Jun 22.