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深度学习在 PSIPRED 蛋白质分析工作台上的应用。

Deep learning for the PSIPRED Protein Analysis Workbench.

机构信息

UCL Bioinformatics Group, Department of Computer Science, University College London, London, WC1E 6BT, UK.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2024 Jul 5;52(W1):W287-W293. doi: 10.1093/nar/gkae328.

Abstract

The PSIRED Workbench is a long established and popular bioinformatics web service offering a wide range of machine learning based analyses for characterizing protein structure and function. In this paper we provide an update of the recent additions and developments to the webserver, with a focus on new Deep Learning based methods. We briefly discuss some trends in server usage since the publication of AlphaFold2 and we give an overview of some upcoming developments for the service. The PSIPRED Workbench is available at http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred.

摘要

PSIRED Workbench 是一个历史悠久且广受欢迎的生物信息学网络服务,提供广泛的基于机器学习的分析,用于描述蛋白质结构和功能。在本文中,我们提供了对该网络服务器最近添加和开发内容的更新,重点介绍了新的基于深度学习的方法。我们简要讨论了自 AlphaFold2 发表以来服务器使用的一些趋势,并概述了该服务的一些即将推出的发展。PSIRED Workbench 可在 http://bioinf.cs.ucl.ac.uk/psipred 获得。

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