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使用 rRNA-FISH 比较不同生长阶段单个细菌细胞中核糖体水平的方案。

Protocol for comparing ribosomal levels in single bacterial cells at different growth stages using rRNA-FISH.

机构信息

Department of Immunology and Regenerative Biology, Weizmann Institute of Science, Rehovot 7610001, Israel.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Sep 20;5(3):103137. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103137. Epub 2024 Jun 14.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103137
PMID:38878285
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11234016/
Abstract

Ribosome quantification in single cells is typically achieved through fluorescence tagging of ribosomal proteins. Here, we present a protocol for comparing ribosomal levels in bacteria at different growth stages using fluorescence in situ hybridization of rRNA (rRNA-FISH), eliminating the need for genetic engineering of the strain of interest. We detail the steps for preparing bacterial samples, staining with fluorescent probes, and acquiring data using flow cytometry and microscopy. Furthermore, we provide guidelines on controlling for proper labeling through signal localization analysis. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Ciolli Mattioli et al..

摘要

在单细胞中定量核糖体通常通过荧光标记核糖体蛋白来实现。在这里，我们介绍了一种使用 rRNA 荧光原位杂交（rRNA-FISH）比较不同生长阶段细菌中核糖体水平的方案，无需对感兴趣的菌株进行遗传工程改造。我们详细介绍了制备细菌样品、用荧光探针染色以及使用流式细胞术和显微镜获取数据的步骤。此外，我们还提供了通过信号定位分析控制正确标记的指南。有关使用和执行此方案的完整详细信息，请参阅 Ciolli Mattioli 等人的研究。

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引用本文的文献

1
Single-cell heterogeneity in ribosome content and the consequences for the growth laws.核糖体含量的单细胞异质性及其对生长规律的影响。
bioRxiv. 2024 Oct 8:2024.04.19.590370. doi: 10.1101/2024.04.19.590370.