Suppr超能文献

一步法 ATAC-seq 检测 B 细胞染色质可及性

Measuring B Cell Chromatin Accessibility by One-Step ATAC-seq.

机构信息

Department of Microbiology and Immunology, Emory University School of Medicine, Atlanta, GA, USA.

出版信息

Methods Mol Biol. 2024;2826:55-63. doi: 10.1007/978-1-0716-3950-4_5.

Abstract

The Assay for Transposase Accessible Chromatin (ATAC)-seq protocol is optimized to generate global maps of accessible chromatin using limited cell inputs. The Tn5 transposase tagmentation reaction simultaneously fragments and tags the accessible DNA with Illumina Nextera sequencing adapters. Fragmented and adapter tagged DNA is then purified and PCR amplified with dual indexing primers to generate a size-specific sequencing library. The One-Step workflow below outlines the Tn5 nuclei transposition from a range of cell inputs followed by PCR amplification to generate a sequencing library.

摘要

转座酶可及染色质(ATAC)-seq 分析方案经优化后,可使用有限的细胞输入量生成全基因组可及染色质图谱。Tn5 转座酶的标签酶切反应同时将具有 Illumina Nextera 测序接头的可及 DNA 进行片段化和标记。随后,用双索引引物对片段化和接头标记的 DNA 进行纯化和 PCR 扩增,以生成特定大小的测序文库。下面的分步工作流程概述了从一系列细胞输入物中进行 Tn5 核转位,然后进行 PCR 扩增以生成测序文库的过程。

相似文献

6
Chromatin accessibility profiling by ATAC-seq.染色质可及性分析的 ATAC-seq 技术。
Nat Protoc. 2022 Jun;17(6):1518-1552. doi: 10.1038/s41596-022-00692-9. Epub 2022 Apr 27.
8
Exploring the Cancer Immune Epigenome by ATAC-Seq.利用ATAC-Seq技术探索癌症免疫表观基因组
Methods Mol Biol. 2025;2930:219-227. doi: 10.1007/978-1-0716-4558-1_15.

本文引用的文献

6
Tn5: A molecular window on transposition.Tn5:转座作用的分子窗口
Biochem Biophys Res Commun. 1999 Dec 29;266(3):729-34. doi: 10.1006/bbrc.1999.1891.

文献AI研究员

20分钟写一篇综述,助力文献阅读效率提升50倍。

立即体验

用中文搜PubMed

大模型驱动的PubMed中文搜索引擎

马上搜索

文档翻译

学术文献翻译模型,支持多种主流文档格式。

立即体验