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用于空间转录组学的包含毛囊的哺乳动物皮肤样本制备方案。

Protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics.

机构信息

Department of Biology, University of Copenhagen, DK-2100 Copenhagen, Denmark; BGI Research, Hangzhou 310030, China.

Department of Biology, University of Copenhagen, DK-2100 Copenhagen, Denmark; College of Life Sciences, Northwest University, Xi'an, China.

出版信息

STAR Protoc. 2024 Sep 20;5(3):103254. doi: 10.1016/j.xpro.2024.103254. Epub 2024 Aug 14.

DOI:10.1016/j.xpro.2024.103254
PMID:39146191
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11367545/
Abstract

Spatial transcriptomics enables a single-cell resolution view of gene expression patterns in tissues, providing insight into their biological functions. However, applying this approach to the skin presents inherent challenges. Here, we present a protocol for preparing mammalian skin samples encompassing hair follicles for spatial transcriptomics. We describe steps for sample preparation, embedding, acquisition of frozen slices, RNA quality control, tissue mounting, fixation, staining, and imaging. We then detail procedures for permeabilization, reverse transcription, and cDNA collection. For complete details on the use and execution of this protocol, please refer to Chen et al..

摘要

空间转录组学能够以单细胞分辨率观察组织中的基因表达模式，深入了解其生物学功能。然而，将这种方法应用于皮肤会带来固有的挑战。在这里，我们介绍了一种用于制备包含毛囊的哺乳动物皮肤样本进行空间转录组学的方案。我们描述了样品制备、包埋、冷冻切片获取、RNA 质量控制、组织安装、固定、染色和成像的步骤。然后，我们详细介绍了通透化、逆转录和 cDNA 收集的步骤。有关此方案使用和执行的完整详细信息，请参阅 Chen 等人的研究。

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