Heinrich-Heine-Universität Düsseldorf, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät, Institut für Physikalische Biologie, Düsseldorf, Germany.
Forschungszentrum Jülich, Institut für Biologische Informationsprozesse: Strukturbiochemie (IBI-7), Jülich, Germany.
FEBS Lett. 2024 Nov;598(21):2656-2669. doi: 10.1002/1873-3468.14997. Epub 2024 Aug 7.
The human Atg8 family member GABARAP is involved in numerous autophagy-related and -unrelated processes. We recently observed that specifically the deficiency of GABARAP enhances epidermal growth factor receptor (EGFR) degradation upon ligand stimulation. Here, we report on two putative LC3-interacting regions (LIRs) within EGFR, the first of which (LIR1) is selected as a GABARAP binding site in silico. Indeed, in vitro interaction studies reveal preferential binding of LIR1 to GABARAP and GABARAPL1. Our X-ray data demonstrate interaction of core LIR1 residues FLPV with both hydrophobic pockets of GABARAP suggesting canonical binding. Although LIR1 occupies the LIR docking site, GABARAP Y49 and L50 appear dispensable in this case. Our data support the hypothesis that GABARAP affects the fate of EGFR at least in part through direct binding.
人类 Atg8 家族成员 GABARAP 参与众多与自噬相关和不相关的过程。我们最近观察到，GABARAP 的特异性缺乏增强了配体刺激后表皮生长因子受体（EGFR）的降解。在这里，我们报告了 EGFR 内的两个假定的 LC3 相互作用区域（LIR），其中第一个（LIR1）被选为计算机上 GABARAP 的结合位点。事实上，体外相互作用研究表明，LIR1 优先与 GABARAP 和 GABARAPL1 结合。我们的 X 射线数据表明，核心 LIR1 残基 FLPV 与 GABARAP 的两个疏水性口袋相互作用，提示存在典型的结合。尽管 LIR1 占据了 LIR 对接位点，但在这种情况下，GABARAP 的 Y49 和 L50 似乎是可有可无的。我们的数据支持这样一种假设，即 GABARAP 通过直接结合至少部分地影响 EGFR 的命运。
