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单碱基分辨率下RNA修饰的高通量检测。

High-throughput detection of RNA modifications at single base resolution.

作者信息

Ron Keren, Kahn Joshua, Malka-Tunitsky Nofar, Sas-Chen Aldema

机构信息

The Shmunis School of Biomedicine and Cancer Research, The George S. Wise Faculty of Life Sciences, Tel Aviv University, Israel.

出版信息

FEBS Lett. 2025 Jan;599(1):19-32. doi: 10.1002/1873-3468.15052. Epub 2024 Nov 14.

DOI:10.1002/1873-3468.15052
PMID:39543833
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11726149/
Abstract

RNA is modified by > 170 chemical modifications that affect its structure and function. Accordingly, RNA modifications have been implicated in regulation of gene expression and cellular outcomes in a variety of species spanning the phylogenetic tree. The study of RNA modifications is accelerated by generation of high-throughput methods for detecting RNA modifications at single base resolution. Here, we review recent advancement in next generation sequencing based approaches for detection of 14 distinct RNA modifications present in rRNA, tRNA and mRNA. We further outline the molecular and computational principles underlying currently available methods.

摘要

RNA会被超过170种化学修饰所改变，这些修饰会影响其结构和功能。因此，RNA修饰已被认为在系统发育树中各种物种的基因表达调控和细胞结果中发挥作用。用于在单碱基分辨率下检测RNA修饰的高通量方法的产生加速了对RNA修饰的研究。在这里，我们综述了基于下一代测序的方法在检测rRNA、tRNA和mRNA中存在的14种不同RNA修饰方面的最新进展。我们还概述了现有方法背后的分子和计算原理。

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