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蛋白质组的全面视图。

: a comprehensive view of the proteome.

作者信息

Gomez-Artiguez Leticia, de la Cámara-Fuentes Samuel, Sun Zhi, Hernáez María Luisa, Borrajo Ana, Pitarch Aída, Molero Gloria, Monteoliva Lucía, Moritz Robert L, Deutsch Eric W, Gil Concha

机构信息

Microbiology and Parasitology Department, Faculty of Pharmacy, Complutense University of Madrid, 28040 Madrid.

Proteomics Unit, Faculty of Pharmacy, Complutense University of Madrid, 28040 Madrid.

出版信息

bioRxiv. 2025 Feb 10:2024.12.20.629377. doi: 10.1101/2024.12.20.629377.

DOI:10.1101/2024.12.20.629377
PMID:39763837
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11702768/
Abstract

We describe a new release of the PeptideAtlas proteomics spectral resource (build 2024-03), providing a sequence coverage of 79.5% at the canonical protein level, matched mass spectrometry spectra, and experimental evidence identifying 3382 and 536 phosphorylated serine and threonine sites with false localization rates of 1% and 5.3%, respectively. We provide a tutorial on how to use the PeptideAtlas and associated tools to access this information. The PeptideAtlas summary web page provides "Build overview", "PTM coverage", "Experiment contribution", and "Dataset contribution" information. The protein and peptide information can also be accessed via the Genome Database via hyperlinks on each protein page. This allows users to peruse identified peptides, protein coverage, post-translational modifications (PTMs), and experiments identifying each protein. Given the value of understanding the PTM landscape in the sequence of each protein, a more detailed explanation of how to interpret and analyse PTM results is provided in the PeptideAtlas of this important pathogen. PeptideAtlas web page: https://db.systemsbiology.net/sbeams/cgi/PeptideAtlas/buildDetails?atlas_build_id=578.

摘要

我们描述了肽图集蛋白质组学光谱资源的一个新版本（2024 - 03版本），在标准蛋白质水平上提供了79.5%的序列覆盖率、匹配的质谱光谱，以及分别鉴定出3382个和536个磷酸化丝氨酸和苏氨酸位点的实验证据，其错误定位率分别为1%和5.3%。我们提供了一个关于如何使用肽图集及相关工具来获取这些信息的教程。肽图集总结网页提供了“版本概述”“翻译后修饰覆盖率”“实验贡献”和“数据集贡献”信息。蛋白质和肽信息也可通过每个蛋白质页面上的超链接经由基因组数据库获取。这使得用户能够研读已鉴定的肽、蛋白质覆盖率、翻译后修饰（PTM）以及鉴定每个蛋白质的实验。鉴于了解每个蛋白质序列中翻译后修饰情况的价值，在这种重要病原体的肽图集中提供了关于如何解释和分析翻译后修饰结果的更详细说明。肽图集网页：https://db.systemsbiology.net/sbeams/cgi/PeptideAtlas/buildDetails?atlas_build_id=578

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