• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

Clustur：一个使用稀疏距离矩阵进行特征聚类的R软件包。

clustur: an R package for clustering features using sparse distance matrices.

作者信息

Johnson Gregory, Westcott Sarah L, Schloss Patrick D

机构信息

Department of Microbiology & Immunology, University of Michigan, Ann Arbor, Michigan, USA.

出版信息

Microbiol Resour Announc. 2025 Mar 11;14(3):e0123824. doi: 10.1128/mra.01238-24. Epub 2025 Jan 30.

DOI:10.1128/mra.01238-24
PMID:39882861
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11895476/
Abstract

The clustur R package implements the clustering algorithms found in the mothur software package for assigning 16S rRNA gene sequences to operational taxonomic units (OTUs). Making these algorithms accessible through the R ecosystem will foster their further development, broader application, and integration within other R packages.

摘要

clustur R软件包实现了mothur软件包中的聚类算法，用于将16S rRNA基因序列分配到操作分类单元（OTU）。通过R生态系统提供这些算法将促进它们的进一步开发、更广泛的应用以及与其他R软件包的集成。

相似文献

1
clustur: an R package for clustering features using sparse distance matrices.Clustur：一个使用稀疏距离矩阵进行特征聚类的R软件包。
Microbiol Resour Announc. 2025 Mar 11;14(3):e0123824. doi: 10.1128/mra.01238-24. Epub 2025 Jan 30.
2
De novo clustering methods outperform reference-based methods for assigning 16S rRNA gene sequences to operational taxonomic units.在将16S rRNA基因序列分配到操作分类单元方面，从头聚类方法优于基于参考的方法。
PeerJ. 2015 Dec 8;3:e1487. doi: 10.7717/peerj.1487. eCollection 2015.
3
bioOTU: An Improved Method for Simultaneous Taxonomic Assignments and Operational Taxonomic Units Clustering of 16s rRNA Gene Sequences.生物OTU：一种用于16S rRNA基因序列分类分配和操作分类单元聚类的改进方法。
J Comput Biol. 2016 Apr;23(4):229-38. doi: 10.1089/cmb.2015.0214. Epub 2016 Mar 7.
4
Application of a Database-Independent Approach To Assess the Quality of Operational Taxonomic Unit Picking Methods.一种独立于数据库的方法在评估操作分类单元划分方法质量中的应用。
mSystems. 2016 Apr 26;1(2). doi: 10.1128/mSystems.00027-16. eCollection 2016 Mar-Apr.
5
OptiFit: an Improved Method for Fitting Amplicon Sequences to Existing OTUs.OptiFit：一种改进的扩增子序列与现有 OTU 拟合方法。
mSphere. 2022 Feb 23;7(1):e0091621. doi: 10.1128/msphere.00916-21. Epub 2022 Feb 2.
6
Machine learning classification by fitting amplicon sequences to existing OTUs.通过将扩增子序列拟合到现有 OTUs 来进行机器学习分类。
mSphere. 2023 Oct 24;8(5):e0033623. doi: 10.1128/msphere.00336-23. Epub 2023 Aug 24.
7
OptiClust, an Improved Method for Assigning Amplicon-Based Sequence Data to Operational Taxonomic Units.OptiClust，一种将基于扩增子的序列数据分配到操作分类单元的改进方法。
mSphere. 2017 Mar 8;2(2). doi: 10.1128/mSphereDirect.00073-17. eCollection 2017 Mar-Apr.
8
A heritability-based comparison of methods used to cluster 16S rRNA gene sequences into operational taxonomic units.基于遗传力对用于将16S rRNA基因序列聚类为操作分类单元的方法进行比较。
PeerJ. 2016 Aug 30;4:e2341. doi: 10.7717/peerj.2341. eCollection 2016.
9
MtHc: a motif-based hierarchical method for clustering massive 16S rRNA sequences into OTUs.MtHc：一种基于基序的层次化方法，用于将大量16S rRNA序列聚类为操作分类单元。
Mol Biosyst. 2015 Jul;11(7):1907-13. doi: 10.1039/c5mb00089k.
10
DBH: A de Bruijn graph-based heuristic method for clustering large-scale 16S rRNA sequences into OTUs.DBH：一种基于德布鲁因图的启发式方法，用于将大规模16S rRNA序列聚类为操作分类单元。
J Theor Biol. 2017 Jul 21;425:80-87. doi: 10.1016/j.jtbi.2017.04.019. Epub 2017 Apr 26.

本文引用的文献

1
Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2.使用QIIME 2进行可重复、交互式、可扩展和可延伸的微生物组数据科学研究。
Nat Biotechnol. 2019 Aug;37(8):852-857. doi: 10.1038/s41587-019-0209-9.
2
OptiClust, an Improved Method for Assigning Amplicon-Based Sequence Data to Operational Taxonomic Units.OptiClust，一种将基于扩增子的序列数据分配到操作分类单元的改进方法。
mSphere. 2017 Mar 8;2(2). doi: 10.1128/mSphereDirect.00073-17. eCollection 2017 Mar-Apr.
3
Application of a Database-Independent Approach To Assess the Quality of Operational Taxonomic Unit Picking Methods.一种独立于数据库的方法在评估操作分类单元划分方法质量中的应用。
mSystems. 2016 Apr 26;1(2). doi: 10.1128/mSystems.00027-16. eCollection 2016 Mar-Apr.
4
Open-Source Sequence Clustering Methods Improve the State Of the Art.开源序列聚类方法提升了现有技术水平。
mSystems. 2016 Feb 9;1(1). doi: 10.1128/mSystems.00003-15. eCollection 2016 Jan-Feb.
5
De novo clustering methods outperform reference-based methods for assigning 16S rRNA gene sequences to operational taxonomic units.在将16S rRNA基因序列分配到操作分类单元方面，从头聚类方法优于基于参考的方法。
PeerJ. 2015 Dec 8;3:e1487. doi: 10.7717/peerj.1487. eCollection 2015.
6
Stability of operational taxonomic units: an important but neglected property for analyzing microbial diversity.操作分类单元的稳定性：分析微生物多样性的一个重要但被忽视的特性。
Microbiome. 2015 May 20;3:20. doi: 10.1186/s40168-015-0081-x. eCollection 2015.
7
Advancing our understanding of the human microbiome using QIIME.使用QIIME增进我们对人类微生物组的理解。
Methods Enzymol. 2013;531:371-444. doi: 10.1016/B978-0-12-407863-5.00019-8.
8
Assessing and improving methods used in operational taxonomic unit-based approaches for 16S rRNA gene sequence analysis.评估和改进基于操作分类单元的 16S rRNA 基因序列分析方法。
Appl Environ Microbiol. 2011 May;77(10):3219-26. doi: 10.1128/AEM.02810-10. Epub 2011 Mar 18.
9
Introducing mothur: open-source, platform-independent, community-supported software for describing and comparing microbial communities.介绍 mothur：开源、独立于平台、社区支持的软件，用于描述和比较微生物群落。
Appl Environ Microbiol. 2009 Dec;75(23):7537-41. doi: 10.1128/AEM.01541-09. Epub 2009 Oct 2.
10
Naive Bayesian classifier for rapid assignment of rRNA sequences into the new bacterial taxonomy.用于将rRNA序列快速分类到新细菌分类学中的朴素贝叶斯分类器。
Appl Environ Microbiol. 2007 Aug;73(16):5261-7. doi: 10.1128/AEM.00062-07. Epub 2007 Jun 22.