• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

玫瑰海棠之母——红肉苹果的染色体水平基因组组装

Chromosome-level genome assembly of Malus niedzwetzkyana, the mother of Rosybloom crabapple.

作者信息

Wang Ruizhen, Quan Jian, Liu Boyang, Wei Yu, Liu Hengxing, He Ran, Guo Ling, Dong Leiming

机构信息

Key Laboratory of National Forestry and Grassland Administration on Plant Ex situ Conservation, Beijing Floriculture Engineering Technology Research Centre, Beijing Botanical Garden, Beijing, 100093, China.

出版信息

Sci Data. 2025 Feb 5;12(1):211. doi: 10.1038/s41597-024-04221-z.

DOI:10.1038/s41597-024-04221-z
PMID:39910089
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC11799236/
Abstract

Malus niedzwetzkyana (MN) is the mother of Rosybloom hybrids, ornamental crabapples with red and purple flowers. We present a high-quality chromosome-scale genome for MN with a size of 672.64 Mb, anchored to 17 chromosomes and with a high BUSCO completeness score of 98.6%, reaching the 'gold standard' level. Moreover, our assembly has captured 28 telomeres. A total of 43,813 protein-coding genes was annotated in the MN genome. The assembled high quality provides a valuable opportunity to enhance our understanding of the genetic basis of flower colour and other ornamental traits in crabapples, thereby advancing the field of genetics and breeding.

摘要

红肉苹果(MN)是玫瑰红杂交品种的母本,玫瑰红杂交品种是具有红色和紫色花朵的观赏海棠。我们展示了一个高质量的红肉苹果染色体级基因组,大小为672.64 Mb,锚定在17条染色体上,BUSCO完整性得分高达98.6%,达到了“黄金标准”水平。此外,我们的组装捕获了28个端粒。红肉苹果基因组中共注释了43,813个蛋白质编码基因。高质量的组装为增进我们对海棠花色和其他观赏性状遗传基础的理解提供了宝贵机会,从而推动遗传学和育种领域的发展。

相似文献

1
Chromosome-level genome assembly of Malus niedzwetzkyana, the mother of Rosybloom crabapple.玫瑰海棠之母——红肉苹果的染色体水平基因组组装
Sci Data. 2025 Feb 5;12(1):211. doi: 10.1038/s41597-024-04221-z.
2
Chromosomal level genome assemblies of two Malus crabapple cultivars Flame and Royalty.两个苹果品种‘火焰’和‘皇家’的染色体水平基因组组装。
Sci Data. 2024 Feb 13;11(1):201. doi: 10.1038/s41597-024-03049-x.
3
Chromosome-level genome assembly of the endangered tree species Ormosia henryi Prain.濒危树种红豆树(Ormosia henryi Prain)的染色体水平基因组组装
Sci Data. 2025 Jun 23;12(1):1065. doi: 10.1038/s41597-025-05402-0.
4
Genome assembly of Hawaiian flower thrips Thrips hawaiiensis (Thysanoptera: Thripidae).夏威夷花蓟马(Thrips hawaiiensis)(缨翅目:蓟马科)的基因组组装
Sci Data. 2025 Feb 6;12(1):225. doi: 10.1038/s41597-025-04549-0.
5
Telomere-to-telomere genome assembly of Phoxinus lagowskii.拉氏鱥的端粒到端粒基因组组装
Sci Data. 2025 Jun 18;12(1):1025. doi: 10.1038/s41597-025-05367-0.
6
A chromosome-level genome assembly of the Bullacta exarata (Cephalaspidea: Haminoeidae).泥螺(头楯目:阿地螺科)的染色体水平基因组组装
Sci Data. 2025 Jun 16;12(1):1008. doi: 10.1038/s41597-025-05373-2.
7
The telomere-to-telomere gapless genome of grass carp provides insights for genetic improvement.草鱼的端粒到端粒无间隙基因组为遗传改良提供了见解。
Gigascience. 2025 Jan 6;14. doi: 10.1093/gigascience/giaf059.
8
Chromosome-level assemblies of Amaranthus palmeri, Amaranthus retroflexus, and Amaranthus hybridus allow for genomic comparisons and identification of a sex-determining region.对糙果苋、反枝苋和杂种苋进行染色体水平的组装,有助于进行基因组比较并确定性别决定区域。
Plant J. 2025 Feb;121(4):e70027. doi: 10.1111/tpj.70027.
9
Telomere-to-telomere genome assembly of linseed (Linum usitatissimum L.) for functional genomics and accelerated genetic improvement.亚麻(Linum usitatissimum L.)的端粒到端粒基因组组装用于功能基因组学和加速遗传改良。
Plant Biotechnol J. 2025 Jun 19. doi: 10.1111/pbi.70183.
10
Systemic pharmacological treatments for chronic plaque psoriasis: a network meta-analysis.系统性药理学治疗慢性斑块状银屑病:网络荟萃分析。
Cochrane Database Syst Rev. 2021 Apr 19;4(4):CD011535. doi: 10.1002/14651858.CD011535.pub4.

本文引用的文献

1
Chromosomal level genome assemblies of two Malus crabapple cultivars Flame and Royalty.两个苹果品种‘火焰’和‘皇家’的染色体水平基因组组装。
Sci Data. 2024 Feb 13;11(1):201. doi: 10.1038/s41597-024-03049-x.
2
A haplotype resolved chromosome-scale assembly of North American wild apple Malus fusca and comparative genomics of the fire blight Mfu10 locus.北美野生苹果褐海棠的单倍型解析染色体水平基因组组装及梨火疫病Mfu10基因座的比较基因组学
Plant J. 2023 Nov;116(4):989-1002. doi: 10.1111/tpj.16433. Epub 2023 Aug 28.
3
quarTeT: a telomere-to-telomere toolkit for gap-free genome assembly and centromeric repeat identification.
四联体:用于无间隙基因组组装和着丝粒重复序列识别的端粒到端粒工具包。
Hortic Res. 2023 Jun 13;10(8):uhad127. doi: 10.1093/hr/uhad127. eCollection 2023 Aug.
4
Chromosome-scale reference genome provides insights into the genetic origin and grafting-mediated stress tolerance of Malus prunifolia.染色体级别的参考基因组为苹果属植物楸子的遗传起源和嫁接介导的胁迫耐受性提供了见解。
Plant Biotechnol J. 2022 Jun;20(6):1015-1017. doi: 10.1111/pbi.13817. Epub 2022 Apr 17.
5
Haplotype-resolved de novo assembly using phased assembly graphs with hifiasm.使用带有 hifiasm 的相定装配图进行单体型解析从头组装。
Nat Methods. 2021 Feb;18(2):170-175. doi: 10.1038/s41592-020-01056-5. Epub 2021 Feb 1.
6
Phased diploid genome assemblies and pan-genomes provide insights into the genetic history of apple domestication.分阶段的二倍体基因组组装和泛基因组为研究苹果驯化的遗传历史提供了线索。
Nat Genet. 2020 Dec;52(12):1423-1432. doi: 10.1038/s41588-020-00723-9. Epub 2020 Nov 2.
7
tRNAscan-SE: Searching for tRNA Genes in Genomic Sequences.tRNAscan-SE:在基因组序列中搜索tRNA基因。
Methods Mol Biol. 2019;1962:1-14. doi: 10.1007/978-1-4939-9173-0_1.
8
In Situ Hi-C for Plants: An Improved Method to Detect Long-Range Chromatin Interactions.植物原位Hi-C技术:一种检测长程染色质相互作用的改进方法
Methods Mol Biol. 2019;1933:441-472. doi: 10.1007/978-1-4939-9045-0_28.
9
The Pfam protein families database in 2019.2019 年 Pfam 蛋白质家族数据库。
Nucleic Acids Res. 2019 Jan 8;47(D1):D427-D432. doi: 10.1093/nar/gky995.
10
Juicebox.js Provides a Cloud-Based Visualization System for Hi-C Data.Juicebox.js 提供了一个基于云的 Hi-C 数据可视化系统。
Cell Syst. 2018 Feb 28;6(2):256-258.e1. doi: 10.1016/j.cels.2018.01.001. Epub 2018 Feb 7.