从国际DNA序列数据库中整理出来的密码子使用情况。
Codon usage tabulated from the international DNA sequence databases.
作者信息
Nakamura Y, Gojobori T, Ikemura T
机构信息
Laboratory of Gene Structure 2, Kazusa DNA Research Institute, Kisarazu, Chiba 292, Japan.
出版信息
Nucleic Acids Res. 1997 Jan 1;25(1):244-5. doi: 10.1093/nar/25.1.244.
Abstract
The codon usage in individual protein genes has been calculated using the nucleotide sequence obtained from the GenBank Genetic Sequence Database. Sum of the codon use of each organism has been also calculated. The data files can be obtained from anonymous ftp sites of DDBJ, DISC and EBI. The list of codon usage of genes in organisms was made searchable by name of organism through a web site. The compilation has been synchronized with a major release of GenBank.
摘要
已使用从GenBank遗传序列数据库获得的核苷酸序列计算了各个蛋白质基因中的密码子使用情况。还计算了每种生物的密码子使用总和。数据文件可从DDBJ、DISC和EBI的匿名ftp站点获取。通过一个网站可以按生物名称搜索生物中基因的密码子使用列表。该汇编已与GenBank的主要版本同步。
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