Mottagui-Tabar S, Isaksson L A
Department of Microbiology, Stockholm University, Sweden.
Biochimie. 1996;78(11-12):953-8. doi: 10.1016/s0300-9084(97)86717-x.
The last two amino acids of the nascent peptide at the ribosomal P-site influence the efficiency of termination readthrough at the stop codon UGA (Mottagui-Tabar et al (1994) EMBO J 13, 249-257; Björnsson et al (1996) EMBO J 15, 1696-1704). Here we analyze this effect on readthrough by wild type or a UGA suppressor form (Su9) of tRNA(Trp) by varying the codons at positions-1 and -2 at the 5' side of UGA. Strains with wild-type or mutant (ArBr) forms of elongation factor Tu (EF-Tu) were analyzed (Vijgenboom et al (1985) EMBO J4, 1049-1052). The effect on readthrough by changing these-1 and -2 codons is different on the two forms of tRNA(Trp) and is also dependent on the structure of EF-Tu. Readthrough by the tRNA(Trp)-derived suppressor, but not wild-type tRNA(Trp), is sensitive to the van der Waals volume of the last amino acid in the nascent peptide. Together with mutant EF-Tu, both forms of tRNA(Trp) are sensitive. The data suggest that the C-terminal amino acid in the nascent peptide is in a functional interaction with the EF-Tu ternary complex. This interaction is changed by mutation in tRNA(Trp) at position 24 or in EF-Tu at position 375. No indication of a changed interaction between the mutant EF-Tu and the penultimate amino acid could be found. Mutant forms of RF2 (Mikuni et al (1991) Biochimie 73, 1509-1516) and ribosomal proteins S4 and S12 (Fáxen et al (1988) J Bacteriol 170, 3756-3760) were found not be altered in sensitivity to the last two amino acids in the nascent peptide.
核糖体P位点上新生肽的最后两个氨基酸会影响终止密码子UGA处的通读效率（莫塔吉 - 塔巴尔等人，《欧洲分子生物学组织杂志》1994年，第13卷，第249 - 257页；比约恩松等人，《欧洲分子生物学组织杂志》1996年，第15卷，第1696 - 1704页）。在此，我们通过改变UGA 5'端-1和-2位置的密码子，分析野生型或色氨酸tRNA（tRNA(Trp)）的UGA抑制形式（Su9）对通读的影响。分析了具有延伸因子Tu（EF-Tu）野生型或突变型（ArBr）形式的菌株（维伊根博姆等人，《欧洲分子生物学组织杂志》1985年，第4卷，第1049 - 1052页）。改变这些-1和-2密码子对两种形式的tRNA(Trp)的通读影响不同，并且还取决于EF-Tu的结构。由tRNA(Trp)衍生的抑制子的通读，而非野生型tRNA(Trp)的通读，对新生肽中最后一个氨基酸的范德华体积敏感。与突变型EF-Tu一起，两种形式的tRNA(Trp)都敏感。数据表明新生肽中的C端氨基酸与EF-Tu三元复合物存在功能相互作用。这种相互作用在tRNA(Trp)的第24位或EF-Tu的第375位发生突变时会改变。未发现突变型EF-Tu与倒数第二个氨基酸之间的相互作用发生改变的迹象。发现RF2的突变形式（米库尼等人，《生物化学杂志》1991年，第73卷，第1509 - 1516页）以及核糖体蛋白S4和S12（法克森等人，《细菌学杂志》1988年，第170卷，第3756 - 3760页）对新生肽中最后两个氨基酸的敏感性未改变。
