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大肠杆菌K12 DNA序列汇编：交互式数据库ECD和ECDC的描述

Compilation of DNA sequences of Escherichia coli K12: description of the interactive databases ECD and ECDC.

作者信息

Kröger M, Wahl R

机构信息

Institut für Mikrobiologie und Molekularbiologie, Fachbereich Biologie, Justus-Liebig-Universität Giessen, Frankfurter Strasse 107, D-35392 Giessen, Germany.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1998 Jan 1;26(1):46-9. doi: 10.1093/nar/26.1.46.

DOI:10.1093/nar/26.1.46
PMID:9399797
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC147217/
Abstract

We have compiled the DNA sequence data for Escherichia coli K12 available from the GenBank and EMBL data libraries and independently from the literature. We provide the most definitive version of the ECD Escherichia coli database now exclusively via the World Wide Web System (http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html ). Our database encloses the completed genome sequence recently published by two competing groups and an assembled set of all elder sequences. The organisation of the database allows precise physical location of each individual gene or regulatory region, even taking into consideration discrepancies in nomenclature. The WWW program allows to the user to branch into the original EMBL and SWISS-PROT datafiles. A number of links to other WWW servers dealing with E. coli is provided. A FASTA and BLAST search may be performed online. Besides the WWW format a flat file version may be obtained via ftp. A number of discrepancies between the two systematic sequence determinations and/or the literature have not yet been resolved. However, our database may serve as a reference source for resolution and/or the assignment of strain difference.

摘要

我们已从GenBank和EMBL数据库以及独立的文献中收集了大肠杆菌K12的DNA序列数据。现在，我们仅通过万维网系统（http://susi.bio.uni-giessen.de/ecdc.html ）提供最权威版本的ECD大肠杆菌数据库。我们的数据库包含了最近由两个竞争团队公布的完整基因组序列以及所有早期序列的组装集。该数据库的组织方式能够精确确定每个基因或调控区域的物理位置，甚至可以考虑到命名法中的差异。万维网程序允许用户链接到原始的EMBL和SWISS-PROT数据文件。还提供了许多与其他处理大肠杆菌的万维网服务器的链接。可以在线进行FASTA和BLAST搜索。除了万维网格式，还可以通过ftp获得文本文件版本。两个系统序列测定和/或文献之间的一些差异尚未得到解决。然而，我们的数据库可作为解决和/或确定菌株差异的参考来源。