RegulonDB（版本2.0）：一个关于大肠杆菌转录调控的数据库。

RegulonDB (version 2.0): a database on transcriptional regulation in Escherichia coli.

作者信息

Salgado H, Santos A, Garza-Ramos U, van Helden J, Díaz E, Collado-Vides J

机构信息

Centro de Investigación sobre Fijación de Nitrógeno, UNAM A.P., 565-A Cuernavaca, Morelos 62100, México.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1999 Jan 1;27(1):59-60. doi: 10.1093/nar/27.1.59.

DOI:10.1093/nar/27.1.59

PMID:9847141

原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC148096/

Abstract

RegulonDB version 2.0, a database on transcriptional regulation and operon organization in Escherichia coli, is now available on the web at the following URL: http://www.cifn.unam. mx/Computational_Biology/regulondb/. In this paper we describe the main computational changes to the database, which include migrating the database to Sybase, providing graphical descriptions of the internal organization of operons and regulons, and direct links to MEDLINE references. The web interface offers searching either by mechanisms of regulation or by operon organization. The results of a search (operon organization, or site collection) are displayed as hypertext, and can also be displayed graphically. In terms of its contents, RegulonDB contains a large number of operons, as well as the absolute position in the completed genome sequence of sites, promoters, and individual genes of E.coli.

摘要

RegulonDB 2.0版，一个关于大肠杆菌转录调控和操纵子组织的数据库，现已在以下网址上线：http://www.cifn.unam. mx/Computational_Biology/regulondb/。在本文中，我们描述了该数据库的主要计算方面的变化，包括将数据库迁移到Sybase，提供操纵子和调控子内部组织的图形描述，以及与MEDLINE参考文献的直接链接。网络界面提供按调控机制或操纵子组织进行搜索。搜索结果（操纵子组织或位点集合）以超文本形式显示，也可以图形方式显示。就其内容而言，RegulonDB包含大量操纵子，以及大肠杆菌位点、启动子和单个基因在完整基因组序列中的绝对位置。

相似文献

RegulonDB (version 2.0): a database on transcriptional regulation in Escherichia coli.RegulonDB（版本2.0）：一个关于大肠杆菌转录调控的数据库。

Nucleic Acids Res. 1999 Jan 1;27(1):59-60. doi: 10.1093/nar/27.1.59.

RegulonDB (version 4.0): transcriptional regulation, operon organization and growth conditions in Escherichia coli K-12.RegulonDB（版本4.0）：大肠杆菌K-12中的转录调控、操纵子组织及生长条件

Nucleic Acids Res. 2004 Jan 1;32(Database issue):D303-6. doi: 10.1093/nar/gkh140.

RegulonDB (version 3.0): transcriptional regulation and operon organization in Escherichia coli K-12.RegulonDB（版本3.0）：大肠杆菌K-12中的转录调控与操纵子组织

Nucleic Acids Res. 2000 Jan 1;28(1):65-7. doi: 10.1093/nar/28.1.65.

RegulonDB (version 3.2): transcriptional regulation and operon organization in Escherichia coli K-12.调控基因数据库（版本3.2）：大肠杆菌K-12中的转录调控与操纵子结构

Nucleic Acids Res. 2001 Jan 1;29(1):72-4. doi: 10.1093/nar/29.1.72.

RegulonDB (version 5.0): Escherichia coli K-12 transcriptional regulatory network, operon organization, and growth conditions.RegulonDB（版本5.0）：大肠杆菌K-12转录调控网络、操纵子组织及生长条件

Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D394-7. doi: 10.1093/nar/gkj156.

Environmental conditions and transcriptional regulation in Escherichia coli: a physiological integrative approach.大肠杆菌中的环境条件与转录调控：一种生理整合方法。

Biotechnol Bioeng. 2003 Dec 30;84(7):743-9. doi: 10.1002/bit.10846.

RegulonDB: a database on transcriptional regulation in Escherichia coli.调控基因数据库：大肠杆菌转录调控数据库

Nucleic Acids Res. 1998 Jan 1;26(1):55-9. doi: 10.1093/nar/26.1.55.

Prediction of transcriptional regulatory sites in the complete genome sequence of Escherichia coli K-12.大肠杆菌K-12全基因组序列中转录调控位点的预测

Bioinformatics. 1998 Jun;14(5):391-400. doi: 10.1093/bioinformatics/14.5.391.

Using RegulonDB, the Escherichia coli K-12 Gene Regulatory Transcriptional Network Database.使用RegulonDB（大肠杆菌K-12基因调控转录网络数据库）。

Curr Protoc Bioinformatics. 2018 Mar;61(1):1.32.1-1.32.30. doi: 10.1002/cpbi.43.

RegulonDB (version 6.0): gene regulation model of Escherichia coli K-12 beyond transcription, active (experimental) annotated promoters and Textpresso navigation.RegulonDB（版本6.0）：大肠杆菌K-12超越转录的基因调控模型、活跃（实验性）注释启动子及Textpresso导航

Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D120-4. doi: 10.1093/nar/gkm994. Epub 2007 Dec 23.

引用本文的文献

DNA sequence analysis landscape: a comprehensive review of DNA sequence analysis task types, databases, datasets, word embedding methods, and language models.DNA序列分析全景：对DNA序列分析任务类型、数据库、数据集、词嵌入方法和语言模型的全面综述。

Front Med (Lausanne). 2025 Apr 8;12:1503229. doi: 10.3389/fmed.2025.1503229. eCollection 2025.

Two novel genes identified by large-scale transcriptomic analysis are essential for biofilm and rugose colony development of Vibrio vulnificus.大规模转录组分析鉴定出的两个新基因对创伤弧菌生物膜和粗糙菌落发育至关重要。

PLoS Pathog. 2023 Jan 19;19(1):e1011064. doi: 10.1371/journal.ppat.1011064. eCollection 2023 Jan.

Effect of database drift on network topology and enrichment analyses: a case study for RegulonDB.数据库漂移对网络拓扑和富集分析的影响：以RegulonDB为例的案例研究。

Database (Oxford). 2016 Mar 15;2016. doi: 10.1093/database/baw003. Print 2016.

Enterococcus faecalis reconfigures its transcriptional regulatory network activation at different copper levels.粪肠球菌在不同铜水平下重新配置其转录调控网络激活。

Metallomics. 2014 Mar;6(3):572-81. doi: 10.1039/c3mt00288h. Epub 2014 Jan 2.

CoryneRegNet 6.0--Updated database content, new analysis methods and novel features focusing on community demands.棒状杆菌 Regina 数据库 6.0——更新数据库内容，新增分析方法，新功能聚焦社区需求。

Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D610-4. doi: 10.1093/nar/gkr883. Epub 2011 Nov 12.

Bayesian network expansion identifies new ROS and biofilm regulators.贝叶斯网络扩展确定新的 ROS 和生物膜调节剂。

PLoS One. 2010 Mar 3;5(3):e9513. doi: 10.1371/journal.pone.0009513.

Integrated analysis and reconstruction of microbial transcriptional gene regulatory networks using CoryneRegNet.使用CoryneRegNet对微生物转录基因调控网络进行综合分析与重建。

Nat Protoc. 2009;4(6):992-1005. doi: 10.1038/nprot.2009.81.

Better estimation of protein-DNA interaction parameters improve prediction of functional sites.对蛋白质 - DNA 相互作用参数的更好估计可改善功能位点的预测。

BMC Biotechnol. 2008 Dec 23;8:94. doi: 10.1186/1472-6750-8-94.

Towards the integrated analysis, visualization and reconstruction of microbial gene regulatory networks.迈向微生物基因调控网络的综合分析、可视化与重建。

Brief Bioinform. 2009 Jan;10(1):75-83. doi: 10.1093/bib/bbn055. Epub 2008 Dec 12.

Nucleic Acids Res. 2006 Jan 1;34(Database issue):D394-7. doi: 10.1093/nar/gkj156.

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验