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利用互联网数据库FlyNets掌握黑腹果蝇中的分子相互作用和基因网络。

Grasping at molecular interactions and genetic networks in Drosophila melanogaster using FlyNets, an Internet database.

作者信息

Sanchez C, Lachaize C, Janody F, Bellon B, Röder L, Euzenat J, Rechenmann F, Jacq B

机构信息

Laboratoire de Génétique et Physiologie du Développement, IBDM, Parc Scientifique de Luminy, CNRS Case 907, 13288 Marseille Cedex 09, France.

出版信息

Nucleic Acids Res. 1999 Jan 1;27(1):89-94. doi: 10.1093/nar/27.1.89.

DOI:10.1093/nar/27.1.89
PMID:9847149
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC148104/
Abstract

FlyNets (http://gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/FlyNets_home_page.++ +html) is a WWW database describing molecular interactions (protein-DNA, protein-RNA and protein-protein) in the fly Drosophila melanogaster. It is composed of two parts, as follows. (i) FlyNets-base is a specialized database which focuses on molecular interactions involved in Drosophila development. The information content of FlyNets-base is distributed among several specific lines arranged according to a GenBank-like format and grouped into five thematic zones to improve human readability. The FlyNets database achieves a high level of integration with other databases such as FlyBase, EMBL, GenBank and SWISS-PROT through numerous hyperlinks. (ii) FlyNets-list is a very simple and more general databank, the long-term goal of which is to report on any published molecular interaction occuring in the fly, giving direct web access to corresponding s in Medline and in FlyBase. In the context of genome projects, databases describing molecular interactions and genetic networks will provide a link at the functional level between the genome, the proteome and the transcriptome worlds of different organisms. Interaction databases therefore aim at describing the contents, structure, function and behaviour of what we herein define as the interactome world.

摘要

FlyNets(http://gifts.univ-mrs.fr/FlyNets/FlyNets_home_page.++ +html)是一个万维网数据库,用于描述黑腹果蝇中的分子相互作用(蛋白质 - DNA、蛋白质 - RNA和蛋白质 - 蛋白质)。它由两部分组成,如下所述。(i)FlyNets-base是一个专门的数据库,专注于果蝇发育过程中涉及的分子相互作用。FlyNets-base的信息内容按照类似GenBank的格式分布在几个特定的行中,并分为五个主题区域以提高人类可读性。FlyNets数据库通过众多超链接与其他数据库(如FlyBase、EMBL、GenBank和SWISS-PROT)实现了高度集成。(ii)FlyNets-list是一个非常简单且更通用的数据库,其长期目标是报告果蝇中发生的任何已发表的分子相互作用,提供对Medline和FlyBase中相应条目的直接网络访问。在基因组计划的背景下,描述分子相互作用和遗传网络的数据库将在不同生物体的基因组、蛋白质组和转录组世界之间的功能层面提供一个链接。因此,相互作用数据库旨在描述我们在此定义为相互作用组世界的内容、结构功能和行为。

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