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DipoCoup：一个基于剩余偶极耦合和伪接触位移的用于三维结构同源性比较的通用程序。

DipoCoup: A versatile program for 3D-structure homology comparison based on residual dipolar couplings and pseudocontact shifts.

作者信息

Meiler J, Peti W, Griesinger C

机构信息

Universität Frankfurt, Institut für Organische Chemie, Frankfurt am Main, Germany.

出版信息

J Biomol NMR. 2000 Aug;17(4):283-94. doi: 10.1023/a:1008362931964.

DOI:10.1023/a:1008362931964
PMID:11014592
Abstract

A program, DipoCoup, is presented that allows to search the protein data bank for proteins which have a three dimensional fold that is at least partially homologous to a protein under investigation. The three dimensional homology search uses secondary structure alignment based on chemical shifts and dipolar couplings or pseudocontact shifts for the three dimensional orientation of secondary structure elements. Moreover, the program offers additional tools for handling and analyzing dipolar couplings.

摘要

介绍了一个名为DipoCoup的程序，它可以在蛋白质数据库中搜索那些三维折叠结构至少部分同源于所研究蛋白质的蛋白质。三维同源性搜索使用基于化学位移、偶极耦合或伪接触位移的二级结构比对来确定二级结构元件的三维取向。此外，该程序还提供了用于处理和分析偶极耦合的其他工具。

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