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数据库搜索结果的可视化表示:RHIMS 图。

Visual representation of database search results: the RHIMS Plot.

作者信息

Martin David M A, Hill Pamela, Barton Geoffrey J, Flavell Andrew J

机构信息

Post-Genomics and Molecular Interactions Centre, Wellcome Trust Biocentre, University of Dundee, Dundee DD1 5EH, UK.

出版信息

Bioinformatics. 2003 May 22;19(8):1037-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btg116.

DOI:10.1093/bioinformatics/btg116
PMID:12761069
Abstract

SUMMARY

An algorithm and software are described that provide a fast method to produce a novel, function-oriented visualization of the results of a sequence database search. Text mining of sequence annotations allows position specific plots of potential functional similarity to be compared in a simple compact representation.

AVAILABILITY

The application can be accessed via a web server at http://www.compbio.dundee.ac.uk. The RHIMS software may be obtained by request to the authors.

摘要

摘要

本文描述了一种算法和软件,它们提供了一种快速方法,可对序列数据库搜索结果生成新颖的、面向功能的可视化展示。通过对序列注释进行文本挖掘,能够以简单紧凑的形式比较潜在功能相似性的位置特异性图谱。

可用性

可通过网页服务器http://www.compbio.dundee.ac.uk访问该应用程序。可向作者请求获取RHIMS软件。

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引用本文的文献

1
Retrotransposon populations of Vicia species with varying genome size.不同基因组大小的蚕豆属物种的反转录转座子群体。
Mol Genet Genomics. 2005 Jun;273(5):371-81. doi: 10.1007/s00438-005-1141-x. Epub 2005 May 13.