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基因组可视化变得快速又简单。

Genome visualization made fast and simple.

作者信息

Gibson René, Smith Douglas R

机构信息

Genome Therapeutics Corporation, Waltham, Massachusetts, 02453, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2003 Jul 22;19(11):1449-50. doi: 10.1093/bioinformatics/btg152.

DOI:10.1093/bioinformatics/btg152
PMID:12874063
Abstract

SUMMARY

The easiest way to gain a quick overall understanding of genomic data is with a visual display that allows the user to view information about an entire genome or chromosome at once. We have constructed GenomePlot, a Perl/Tk script with a series of modules that allow us to display many types of information simultaneously. Menu options allow the user to zoom to the desired view of the data and to print or save the image to a file to produce publication quality illustrations.

AVAILABILITY

The program is available on request. A license is required for commercial use.

摘要

摘要

快速全面了解基因组数据的最简单方法是通过可视化显示,它能让用户一次性查看关于整个基因组或染色体的信息。我们构建了GenomePlot,这是一个带有一系列模块的Perl/Tk脚本,使我们能够同时显示多种类型的信息。菜单选项允许用户放大到所需的数据视图,并将图像打印或保存到文件以生成可用于发表的高质量插图。

可用性

该程序可根据要求提供。商业使用需要许可证。

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Genome Res. 2009 Sep;19(9):1639-45. doi: 10.1101/gr.092759.109. Epub 2009 Jun 18.
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