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dbMHC的基于测序的分型工具:对高度多态性基因序列进行分型。

The sequencing-based typing tool of dbMHC: typing highly polymorphic gene sequences.

作者信息

Helmberg Wolfgang, Dunivin Raymond, Feolo Michael

机构信息

National Center for Biotechnology Information, National Library of Medicine, National Institutes of Health, Building 45, 8600 Rockville Pike, Bethesda, MD 20894, USA.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2004 Jul 1;32(Web Server issue):W173-5. doi: 10.1093/nar/gkh424.

DOI:10.1093/nar/gkh424
PMID:15215374
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC441562/
Abstract

The dbMHC resource (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc/sbt.cgi?cmd=main) at the National Center for Biotechnology Information (NCBI) has developed an online tool for evaluating the allelic composition of sequencing-based typing (SBT) results of cDNA or genomic sequences. Whether the samples are heterozygous, haploid or a combination of the two, they can be compared with two up-to-date databases of all known alleles of several human leukocyte antigen (HLA) and killer cell immunoglobulin-like receptor (KIR) loci. The results of the submission are returned as a table of potential allele hits, along with the respective base changes and an interactive sequence viewer for close examination of the alignment.

摘要

美国国立医学图书馆国家生物技术信息中心(NCBI)的dbMHC资源(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/mhc/sbt.cgi?cmd=main)开发了一种在线工具,用于评估基于测序的cDNA或基因组序列分型(SBT)结果的等位基因组成。无论样本是杂合子、单倍体还是两者的组合,都可以与几个人类白细胞抗原(HLA)和杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因座的所有已知等位基因的两个最新数据库进行比较。提交结果以潜在等位基因匹配表的形式返回,同时还会返回相应的碱基变化以及用于仔细检查比对情况的交互式序列查看器。