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轻松模拟遗传网络：用简单构建模块构建网络

Simulating genetic networks made easy: network construction with simple building blocks.

作者信息

Vercruysse Steven, Kuiper Martin

机构信息

Department of Plant Systems Biology, Flanders Interuniversity Institute for Biotechnology (VIB), Ghent University Technologiepark 927, B-9052, Gent, Belgium.

出版信息

Bioinformatics. 2005 Jan 15;21(2):269-71. doi: 10.1093/bioinformatics/bth478. Epub 2004 Aug 19.

DOI:10.1093/bioinformatics/bth478
PMID:15319258
Abstract

UNLABELLED

We present SIM-plex, a genetic network simulator with a very intuitive interface in which a user can easily specify interactions as simple 'if-then' statements. The simulator is based on the mathematical model of Piecewise Linear Differential Equations (PLDEs). With PLDEs, genetic interactions are approximated as acting in a switch-like manner.

AVAILABILITY

The Java program, examples and a tutorial are available at http://www.psb.ugent.be/cbd/

CONTACT

{stcru,makui}@psb.ugent.be

摘要

未标注

我们展示了SIM-plex，这是一个具有非常直观界面的遗传网络模拟器，用户可以轻松地将相互作用指定为简单的“如果-那么”语句。该模拟器基于分段线性微分方程（PLDEs）的数学模型。对于PLDEs，遗传相互作用近似以类似开关的方式起作用。

可用性

Java程序、示例和教程可在http://www.psb.ugent.be/cbd/获取。

联系方式

{stcru,makui}@psb.ugent.be

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引用本文的文献

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