• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

Computational approaches for investigating base flipping in oligonucleotides.

作者信息

Priyakumar U Deva, MacKerell Alexander D

机构信息

Department of Pharmaceutical Sciences, School of Pharmacy, University of Maryland, Baltimore, 21201, USA.

出版信息

Chem Rev. 2006 Feb;106(2):489-505. doi: 10.1021/cr040475z.

DOI:10.1021/cr040475z
PMID:16464016
Abstract
摘要

相似文献

1
Computational approaches for investigating base flipping in oligonucleotides.用于研究寡核苷酸中碱基翻转的计算方法。
Chem Rev. 2006 Feb;106(2):489-505. doi: 10.1021/cr040475z.
2
Dynamics and energetics of the base flipping conformation studied with base pair-mimic nucleosides.利用碱基对模拟核苷研究碱基翻转构象的动力学和能量学。
Biochemistry. 2009 Dec 1;48(47):11304-11. doi: 10.1021/bi901496q.
3
Nucleic acid encoding to program self-assembly in chemical biology.用于化学生物学中编程自组装的核酸。
Chem Soc Rev. 2008 Jul;37(7):1330-6. doi: 10.1039/b706610b. Epub 2008 Apr 17.
4
In vitro selected oligonucleotides as receptors in binding assays.在结合试验中作为受体的体外筛选寡核苷酸。
Methods. 2000 Sep;22(1):107-14. doi: 10.1006/meth.2000.1041.
5
C5-functionalized LNA: unparalleled hybridization properties and enzymatic stability.C5功能化的锁核酸:无与伦比的杂交特性和酶稳定性。
Chembiochem. 2009 Nov 23;10(17):2740-3. doi: 10.1002/cbic.200900500.
6
Bispyrene-conjugated 2'-O-methyloligonucleotide as a highly specific RNA-recognition probe.双芘共轭的2'-O-甲基寡核苷酸作为一种高度特异性的RNA识别探针。
Angew Chem Int Ed Engl. 2002 Oct 4;41(19):3648-50, 3518. doi: 10.1002/1521-3773(20021004)41:19<3648::AID-ANIE3648>3.0.CO;2-Y.
7
Sequence effects of single base loops in intramolecular quadruplex DNA.分子内四链体DNA中单碱基环的序列效应
FEBS Lett. 2007 Apr 17;581(8):1657-60. doi: 10.1016/j.febslet.2007.03.040. Epub 2007 Mar 28.
8
Fundamentals of DNA and RNA structure.
Methods Biochem Anal. 2003;44:41-73.
9
The synthetic oligonucleotides as a model for studying of DNA folding.
Nucleic Acids Symp Ser. 1991(24):239.
10
Structural optimization of pseudorotaxane-forming oligonucleotides for efficient and stable complex formation.用于高效稳定形成复合物的伪轮烷形成寡核苷酸的结构优化。
Nucleic Acids Res. 2018 Sep 28;46(17):8710-8719. doi: 10.1093/nar/gky744.

引用本文的文献

1
Observing nucleotide flipping in DNA using indirect 2'-F nucleotide probes and 19F NMR.使用间接2'-F核苷酸探针和19F核磁共振观察DNA中的核苷酸翻转。
Nucleic Acids Res. 2025 Jun 6;53(11). doi: 10.1093/nar/gkaf492.
2
Kinetics and dynamics of oligonucleotide hybridization.寡核苷酸杂交的动力学与动力学特性
Nat Rev Chem. 2025 May;9(5):305-327. doi: 10.1038/s41570-025-00704-8. Epub 2025 Apr 11.
3
The 'very moment' when UDG recognizes a flipped-out uracil base in dsDNA.尿嘧啶DNA糖苷酶(UDG)识别双链DNA中翻转出来的尿嘧啶碱基的“那一刻”。
Sci Rep. 2025 Mar 7;15(1):7993. doi: 10.1038/s41598-025-91705-6.
4
Base flipping mechanism and binding strength of methyl-damaged DNA during the interaction with AGT.甲基化损伤的DNA与AGT相互作用时的碱基翻转机制及结合强度
J Biol Phys. 2024 Mar;50(1):71-87. doi: 10.1007/s10867-023-09649-9. Epub 2023 Dec 27.
5
Backbone Conformational Equilibrium in Mismatched DNA Correlates with Enzyme Activity.碱基错配 DNA 中的骨架构象平衡与酶活性相关。
Biochemistry. 2023 Oct 3;62(19):2816-2827. doi: 10.1021/acs.biochem.3c00230. Epub 2023 Sep 12.
6
Base Dynamics in the I Protein Binding Site.I 蛋白结合位点的基础动力学。
J Phys Chem B. 2023 Aug 24;127(33):7266-7275. doi: 10.1021/acs.jpcb.3c03687. Epub 2023 Aug 10.
7
Influence of Single Deuterium Replacement on Frequency of Hydrogen Bond Dissociation in IFNA17 under the Highest Critical Energy Range.在最高临界能量范围内,氘代对 IFNA17 中氢键解离频率的影响。
Int J Mol Sci. 2022 Dec 7;23(24):15487. doi: 10.3390/ijms232415487.
8
Measuring thermodynamic preferences to form non-native conformations in nucleic acids using ultraviolet melting.使用紫外光解链技术测量核酸形成非天然构象的热力学偏好。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2022 Jun 14;119(24):e2112496119. doi: 10.1073/pnas.2112496119. Epub 2022 Jun 7.
9
Energy Landscapes for Base-Flipping in a Model DNA Duplex.碱基翻转的模型 DNA 双链的能量景观。
J Phys Chem B. 2022 Apr 28;126(16):3012-3028. doi: 10.1021/acs.jpcb.2c00340. Epub 2022 Apr 15.
10
A perspective on the molecular simulation of DNA from structural and functional aspects.从结构和功能方面看DNA的分子模拟
Chem Sci. 2021 Mar 15;12(15):5390-5409. doi: 10.1039/d0sc05329e.