Etzel Carol J, Chen Wei V, Shepard Neil, Jawaheer Damini, Cornelis Francois, Seldin Michael F, Gregersen Peter K, Amos Christopher I
Department of Epidemiology, UT MD Anderson Cancer Center, 1155 Pressler Street - Unit 1340, Houston, TX 77030, USA.
Hum Genet. 2006 Jul;119(6):634-41. doi: 10.1007/s00439-006-0171-8. Epub 2006 Apr 13.
Meta-analysis is being increasingly used as a tool for integrating data from different studies of complex phenotypes, because the power of any one study to identify causal loci is limited. We applied a novel meta-analytical approach (Loesgen et al. in Genet Epidemiol 21(Suppl 1):S142-S147, 2001) in compiling results from four studies of rheumatoid arthritis in Caucasians including two studies from NARAC (Jawaheer et al. in Am J Hum Genet 68:927-936, 2001; Jawaheer et al. in Arthritis Rheum 48:906-916, 2003), one study from the UK (MacKay et al. in Arthritis Rheum 46:632-639, 2001) and one from France (Cornelis et al. in Proc Natl Acad Sci USA 95:10746-10750, 1998). For each study, we obtained NPL scores by performing interval mapping (2 cM intervals) using GeneHunter2 (Kruglyak et al. in Am J Hum Genet 58:1347-1363, 1996; Markianos et al. in Am J Hum Genet 68:963-977, 2001). The marker maps differed among the three consortium groups, therefore, the marker maps were aligned after the interval mapping was completed and the NPL scores that were within 1 cM of each other were combined using the method of Loesgen et al. (Genet Epidemiol 21(Suppl 1):S142-S147, 2001) by calculating the weighted average of the NPL score. This approach avoids some problems in analysis encountered by using GeneHunter2 when some markers in the sample are not genotyped. This procedure provided marginal evidence (P<0.05) of linkage on chromosome 1, 2, 5 and 18, strong evidence (P<0.01) on chromosomes 8 and 16, and overwhelming evidence in the HLA region of chromosome 6.
荟萃分析越来越多地被用作整合来自不同复杂表型研究数据的工具，因为任何一项研究识别因果基因座的能力都是有限的。我们应用了一种新颖的荟萃分析方法（洛斯根等人，《遗传流行病学》21（增刊1）：S142 - S147，2001年）来汇总四项关于高加索人类风湿性关节炎研究的结果，其中包括两项来自北美类风湿性关节炎协作组（NARAC）的研究（贾瓦希尔等人，《美国人类遗传学杂志》68：927 - 936，2001年；贾瓦希尔等人，《关节炎与风湿病》48：906 - 916，2003年）、一项来自英国的研究（麦凯等人，《关节炎与风湿病》46：632 - 639，2001年）以及一项来自法国的研究（科内利斯等人，《美国国家科学院院刊》95：10746 - 10750，1998年）。对于每项研究，我们使用GeneHunter2（克鲁格利亚克等人，《美国人类遗传学杂志》58：1347 - 1363，1996年；马尔基阿诺斯等人，《美国人类遗传学杂志》68：963 - 977，2001年）通过进行区间定位（2厘摩区间）来获得NPL分数。这三个协作组的标记图谱各不相同，因此，在完成区间定位后对齐标记图谱，并使用洛斯根等人（《遗传流行病学》21（增刊1）：S142 - S147，2001年）的方法通过计算NPL分数的加权平均值来合并彼此距离在1厘摩以内的NPL分数。这种方法避免了在样本中的一些标记未进行基因分型时使用GeneHunter2进行分析所遇到的一些问题。该程序提供了1号、2号、5号和18号染色体上连锁的边缘证据（P < 0.05），8号和16号染色体上的强证据（P < 0.01），以及6号染色体HLA区域的压倒性证据。
