• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

Deciphering protein-protein interactions. Part I. Experimental techniques and databases.

作者信息

Shoemaker Benjamin A, Panchenko Anna R

机构信息

Computational Biology Branch of the National Center for Biotechnology Information in Bethesda, Maryland, United States of America.

出版信息

PLoS Comput Biol. 2007 Mar 30;3(3):e42. doi: 10.1371/journal.pcbi.0030042.

DOI:10.1371/journal.pcbi.0030042
PMID:17397251
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1847991/
Abstract
摘要
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6e43/1847991/f058f46c7456/pcbi.0030042.g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6e43/1847991/f058f46c7456/pcbi.0030042.g001.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/6e43/1847991/f058f46c7456/pcbi.0030042.g001.jpg

相似文献

1
Deciphering protein-protein interactions. Part I. Experimental techniques and databases.解析蛋白质-蛋白质相互作用。第一部分。实验技术与数据库。
PLoS Comput Biol. 2007 Mar 30;3(3):e42. doi: 10.1371/journal.pcbi.0030042.
2
Visualisation and navigation methods for typed protein-protein interaction networks.类型化蛋白质-蛋白质相互作用网络的可视化与导航方法
Appl Bioinformatics. 2003;2(3 Suppl):S19-24.
3
Searching the MINT database for protein interaction information.在MINT数据库中搜索蛋白质相互作用信息。
Curr Protoc Bioinformatics. 2003 Aug;Chapter 8:Unit 8.5. doi: 10.1002/0471250953.bi0805s02.
4
Biomolecular interaction network database.生物分子相互作用网络数据库。
Brief Bioinform. 2005 Jun;6(2):194-8. doi: 10.1093/bib/6.2.194.
5
A hybrid graph-theoretic method for mining overlapping functional modules in large sparse protein interaction networks.一种用于在大型稀疏蛋白质相互作用网络中挖掘重叠功能模块的混合图论方法。
Int J Data Min Bioinform. 2009;3(1):68-84. doi: 10.1504/ijdmb.2009.023885.
6
From pull-down data to protein interaction networks and complexes with biological relevance.从下拉数据到具有生物学相关性的蛋白质相互作用网络和复合物
Bioinformatics. 2008 Apr 1;24(7):979-86. doi: 10.1093/bioinformatics/btn036. Epub 2008 Feb 26.
7
PROTEIOS: an open source proteomics initiative.蛋白质组计划:一项开源蛋白质组学计划。
Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):2085-7. doi: 10.1093/bioinformatics/bti291. Epub 2005 Feb 3.
8
A method to pinpoint undiscovered links in genetic and protein networks.一种在基因和蛋白质网络中精准定位未发现联系的方法。
Stud Health Technol Inform. 2015;210:771-5.
9
2.5D visualisation of overlapping biological networks.重叠生物网络的2.5D可视化
J Integr Bioinform. 2008 Nov 10;5(1):90. doi: 10.2390/biecoll-jib-2008-90.
10
A query language for biological networks.一种用于生物网络的查询语言。
Bioinformatics. 2005 Sep 1;21 Suppl 2:ii33-9. doi: 10.1093/bioinformatics/bti1105.

引用本文的文献

1
In Vitro Assessment of a Doubly Adjuvanted Self-Emulsified Nanoemulsion as a Delivery Vehicle for Antigenic Proteins.双重佐剂自乳化纳米乳剂作为抗原蛋白递送载体的体外评估
Pharmaceutics. 2025 Jul 2;17(7):870. doi: 10.3390/pharmaceutics17070870.
2
ASCE-PPIS: a protein-protein interaction sites predictor based on equivariant graph neural network with fusion of structure-aware pooling and graph collapse.ASCE-PPIS:一种基于等变图神经网络的蛋白质-蛋白质相互作用位点预测器,融合了结构感知池化和图折叠。
Bioinformatics. 2025 Aug 2;41(8). doi: 10.1093/bioinformatics/btaf423.
3
GTE-PPIS: a protein-protein interaction site predictor based on graph transformer and equivariant graph neural network.

本文引用的文献

1
Deciphering protein-protein interactions. Part II. Computational methods to predict protein and domain interaction partners.解析蛋白质-蛋白质相互作用。第二部分。预测蛋白质和结构域相互作用伙伴的计算方法。
PLoS Comput Biol. 2007 Apr 27;3(4):e43. doi: 10.1371/journal.pcbi.0030043.
2
PROTCOM: searchable database of protein complexes enhanced with domain-domain structures.PROTCOM:通过结构域-结构域结构增强的蛋白质复合物可搜索数据库。
Nucleic Acids Res. 2007 Jan;35(Database issue):D575-9. doi: 10.1093/nar/gkl768. Epub 2006 Oct 28.
3
The many faces of protein-protein interactions: A compendium of interface geometry.
GTE-PPIS:一种基于图变换器和等变图神经网络的蛋白质-蛋白质相互作用位点预测器。
Brief Bioinform. 2025 May 1;26(3). doi: 10.1093/bib/bbaf290.
4
Gated-GPS: enhancing protein-protein interaction site prediction with scalable learning and imbalance-aware optimization.门控全局预测系统(Gated-GPS):通过可扩展学习和不平衡感知优化增强蛋白质-蛋白质相互作用位点预测
Brief Bioinform. 2025 May 1;26(3). doi: 10.1093/bib/bbaf248.
5
MIPPIS: protein-protein interaction site prediction network with multi-information fusion.MIPPIS:一种融合多源信息的蛋白质相互作用位点预测网络。
BMC Bioinformatics. 2024 Nov 4;25(1):345. doi: 10.1186/s12859-024-05964-7.
6
MEG-PPIS: a fast protein-protein interaction site prediction method based on multi-scale graph information and equivariant graph neural network.MEG-PPIS:一种基于多尺度图信息和等变图神经网络的快速蛋白质-蛋白质相互作用位点预测方法。
Bioinformatics. 2024 Jan 5;40(5). doi: 10.1093/bioinformatics/btae269.
7
BioID Analysis of Actin-Binding Proteins.生物素标记分析技术在肌动蛋白结合蛋白分析中的应用
Methods Mol Biol. 2024;2794:95-104. doi: 10.1007/978-1-0716-3810-1_9.
8
Network interactions with functional roles and evolutionary relationships for BURP domain-containing proteins in chickpea and model species.鹰嘴豆和模式物种中含BURP结构域蛋白的具有功能作用和进化关系的网络相互作用
Bioinformation. 2023 Dec 31;19(12):1197-1211. doi: 10.6026/973206300191197. eCollection 2023.
9
Structural coverage of the human interactome.人类相互作用组的结构覆盖。
Brief Bioinform. 2023 Nov 22;25(1). doi: 10.1093/bib/bbad496.
10
A Ubiquitin-Based Module Directing Protein-Protein Interactions in Chloroplasts.一种基于泛素的模块,用于指导叶绿体中的蛋白质-蛋白质相互作用。
Int J Mol Sci. 2023 Nov 23;24(23):16673. doi: 10.3390/ijms242316673.
蛋白质-蛋白质相互作用的多样面貌:界面几何学概览。
PLoS Comput Biol. 2006 Sep 29;2(9):e124. doi: 10.1371/journal.pcbi.0020124. Epub 2006 Jul 31.
4
Electrostatic properties of protein-protein complexes.蛋白质-蛋白质复合物的静电特性。
Biophys J. 2006 Sep 1;91(5):1724-36. doi: 10.1529/biophysj.106.086025. Epub 2006 Jun 16.
5
Global analysis of gene function in yeast by quantitative phenotypic profiling.通过定量表型分析对酵母基因功能进行全局分析。
Mol Syst Biol. 2006;2:2006.0001. doi: 10.1038/msb4100043. Epub 2006 Jan 17.
6
Gene function prediction from congruent synthetic lethal interactions in yeast.基于酵母中一致的合成致死相互作用进行基因功能预测。
Mol Syst Biol. 2005;1:2005.0026. doi: 10.1038/msb4100034. Epub 2005 Nov 22.
7
Global landscape of protein complexes in the yeast Saccharomyces cerevisiae.酿酒酵母中蛋白质复合物的全球格局。
Nature. 2006 Mar 30;440(7084):637-43. doi: 10.1038/nature04670. Epub 2006 Mar 22.
8
The DIMA web resource--exploring the protein domain network.DIMA网络资源——探索蛋白质结构域网络
Bioinformatics. 2006 Apr 15;22(8):997-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btl050. Epub 2006 Feb 15.
9
Proteome survey reveals modularity of the yeast cell machinery.蛋白质组研究揭示酵母细胞机制的模块化特性。
Nature. 2006 Mar 30;440(7084):631-6. doi: 10.1038/nature04532. Epub 2006 Jan 22.
10
Finding biologically relevant protein domain interactions: conserved binding mode analysis.寻找具有生物学相关性的蛋白质结构域相互作用:保守结合模式分析
Protein Sci. 2006 Feb;15(2):352-61. doi: 10.1110/ps.051760806. Epub 2005 Dec 29.