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Tilescope：用于高密度平铺微阵列数据的在线分析流程

Tilescope: online analysis pipeline for high-density tiling microarray data.

作者信息

Zhang Zhengdong D, Rozowsky Joel, Lam Hugo Y K, Du Jiang, Snyder Michael, Gerstein Mark

机构信息

Department of Molecular Biophysics and Biochemistry, Yale University, New Haven, CT 06520, USA.

出版信息

Genome Biol. 2007;8(5):R81. doi: 10.1186/gb-2007-8-5-r81.

DOI:10.1186/gb-2007-8-5-r81
PMID:17501994
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC1929149/
Abstract

We developed Tilescope, a fully integrated data processing pipeline for analyzing high-density tiling-array data http://tilescope.gersteinlab.org. In a completely automated fashion, Tilescope will normalize signals between channels and across arrays, combine replicate experiments, score each array element, and identify genomic features. The program is designed with a modular, three-tiered architecture, facilitating parallelism, and a graphic user-friendly interface, presenting results in an organized web page, downloadable for further analysis.

摘要

我们开发了Tilescope，这是一个用于分析高密度平铺阵列数据（http://tilescope.gersteinlab.org）的完全集成的数据处理流程。Tilescope将以完全自动化的方式对通道之间和阵列之间的信号进行归一化，合并重复实验，对每个阵列元素进行评分，并识别基因组特征。该程序采用模块化的三层架构设计，便于并行处理，还有一个图形用户友好界面，在一个有条理的网页上呈现结果，可供下载以进行进一步分析。

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