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EpiToolKit——一个用于计算免疫组学的网络服务器。

EpiToolKit--a web server for computational immunomics.

作者信息

Feldhahn Magdalena, Thiel Philipp, Schuler Mathias M, Hillen Nina, Stevanovic Stefan, Rammensee Hans-Georg, Kohlbacher Oliver

机构信息

Simulation of Biological Systems, Center for Bioinformatics, Institute for Cell Biology, Eberhard Karls University Tübingen, Germany.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2008 Jul 1;36(Web Server issue):W519-22. doi: 10.1093/nar/gkn229. Epub 2008 Apr 24.

DOI:10.1093/nar/gkn229
PMID:18440979
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2447732/
Abstract

Predicting the T-cell-mediated immune response is an important task in vaccine design and thus one of the key problems in computational immunomics. Various methods have been developed during the last decade and are available online. We present EpiToolKit, a web server that has been specifically designed to offer a problem-solving environment for computational immunomics. EpiToolKit offers a variety of different prediction methods for major histocompatibility complex class I and II ligands as well as minor histocompatibility antigens. These predictions are embedded in a user-friendly interface allowing refining, editing and constraining the searches conveniently. We illustrate the value of the approach with a set of novel tumor-associated peptides. EpiToolKit is available online at www.epitoolkit.org.

摘要

预测T细胞介导的免疫反应是疫苗设计中的一项重要任务，因此也是计算免疫组学中的关键问题之一。在过去十年中已经开发了各种方法，并且可以在线获取。我们展示了EpiToolKit，这是一个专门设计用于为计算免疫组学提供问题解决环境的网络服务器。EpiToolKit为主要组织相容性复合体I类和II类配体以及次要组织相容性抗原提供了多种不同的预测方法。这些预测嵌入在用户友好的界面中，方便地进行搜索的细化、编辑和约束。我们用一组新的肿瘤相关肽来说明该方法的价值。EpiToolKit可在www.epitoolkit.org在线获取。