• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

通过核磁共振化学位移确定固态蛋白质结构

Determination of protein structures in the solid state from NMR chemical shifts.

作者信息

Robustelli Paul, Cavalli Andrea, Vendruscolo Michele

机构信息

Department of Chemistry, University of Cambridge, Lensfield Road, Cambridge CB2 1EW, UK.

出版信息

Structure. 2008 Dec 10;16(12):1764-9. doi: 10.1016/j.str.2008.10.016.

DOI:10.1016/j.str.2008.10.016
PMID:19081052
Abstract

Solid-state NMR spectroscopy does not require proteins to form crystalline or soluble samples and can thus be applied under a variety of conditions, including precipitates, gels, and microcrystals. It has recently been shown that NMR chemical shifts can be used to determine the structures of the native states of proteins in solution. By considering the cases of two proteins, GB1 and SH3, we provide an initial demonstration here that this type of approach can be extended to the use of solid-state NMR chemical shifts to obtain protein structures in the solid state without the need for measuring interatomic distances.

摘要

固态核磁共振光谱法不要求蛋白质形成晶体或可溶样品,因此可以在多种条件下应用,包括沉淀物、凝胶和微晶。最近有研究表明,核磁共振化学位移可用于确定溶液中蛋白质天然状态的结构。通过考虑两种蛋白质GB1和SH3的情况,我们在此初步证明,这种方法可以扩展到利用固态核磁共振化学位移来获得固态蛋白质结构,而无需测量原子间距离。

相似文献

1
Determination of protein structures in the solid state from NMR chemical shifts.通过核磁共振化学位移确定固态蛋白质结构
Structure. 2008 Dec 10;16(12):1764-9. doi: 10.1016/j.str.2008.10.016.
2
Folding of small proteins by Monte Carlo simulations with chemical shift restraints without the use of molecular fragment replacement or structural homology.通过蒙特卡罗模拟对小蛋白质进行折叠,使用化学位移限制,不使用分子片段替换或结构同源性。
J Phys Chem B. 2009 Jun 4;113(22):7890-6. doi: 10.1021/jp900780b.
3
Site-specific backbone dynamics from a crystalline protein by solid-state NMR spectroscopy.通过固态核磁共振光谱法研究晶体蛋白中位点特异性主链动力学。
J Am Chem Soc. 2004 Sep 22;126(37):11422-3. doi: 10.1021/ja046578g.
4
Fast and accurate predictions of protein NMR chemical shifts from interatomic distances.基于原子间距离对蛋白质核磁共振化学位移进行快速准确的预测。
J Am Chem Soc. 2009 Oct 7;131(39):13894-5. doi: 10.1021/ja903772t.
5
Protein structure determination by high-resolution solid-state NMR spectroscopy: application to microcrystalline ubiquitin.通过高分辨率固态核磁共振光谱法测定蛋白质结构:应用于微晶泛素。
J Am Chem Soc. 2005 Jun 22;127(24):8618-26. doi: 10.1021/ja0503128.
6
Determination of solid-state NMR structures of proteins by means of three-dimensional 15N-13C-13C dipolar correlation spectroscopy and chemical shift analysis.通过三维15N-13C-13C偶极相关光谱法和化学位移分析确定蛋白质的固态核磁共振结构
Biochemistry. 2003 Oct 7;42(39):11476-83. doi: 10.1021/bi034903r.
7
Refinement of NMR structures using implicit solvent and advanced sampling techniques.使用隐式溶剂和先进采样技术对核磁共振结构进行优化。
J Am Chem Soc. 2004 Dec 15;126(49):16038-47. doi: 10.1021/ja047624f.
8
Probing invisible, low-populated States of protein molecules by relaxation dispersion NMR spectroscopy: an application to protein folding.通过弛豫色散核磁共振波谱探测蛋白质分子的不可见、低丰度状态:在蛋白质折叠中的应用
Acc Chem Res. 2008 Mar;41(3):442-51. doi: 10.1021/ar700189y. Epub 2008 Feb 15.
9
Determination of isoleucine side-chain conformations in ground and excited states of proteins from chemical shifts.从化学位移确定蛋白质基态和激发态中异亮氨酸侧链构象。
J Am Chem Soc. 2010 Jun 9;132(22):7589-91. doi: 10.1021/ja102090z.
10
3D structure determination of the Crh protein from highly ambiguous solid-state NMR restraints.基于高度模糊的固态核磁共振约束确定促肾上腺皮质激素释放激素(Crh)蛋白的三维结构
J Am Chem Soc. 2008 Mar 19;130(11):3579-89. doi: 10.1021/ja078014t. Epub 2008 Feb 20.

引用本文的文献

1
Dipolar Recoupling in Rotating Solids.旋转固体中的偶极重耦合
Chem Rev. 2024 Nov 27;124(22):12844-12917. doi: 10.1021/acs.chemrev.4c00373. Epub 2024 Nov 6.
2
Modeling of Cu(II)-based protein spin labels using rotamer libraries.基于构象库的 Cu(II)-蛋白自旋标记物建模。
Phys Chem Chem Phys. 2024 Feb 22;26(8):6806-6816. doi: 10.1039/d3cp05951k.
3
Chemical shift-based methods in NMR structure determination.基于化学位移的 NMR 结构测定方法。
Prog Nucl Magn Reson Spectrosc. 2018 Jun-Aug;106-107:1-25. doi: 10.1016/j.pnmrs.2018.03.002. Epub 2018 Mar 11.
4
The PROSECCO server for chemical shift predictions in ordered and disordered proteins.用于预测有序和无序蛋白质化学位移的PROSECCO服务器。
J Biomol NMR. 2017 Nov;69(3):147-156. doi: 10.1007/s10858-017-0145-2. Epub 2017 Nov 8.
5
Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts.使用分子片段置换和核磁共振化学位移对蛋白质进行平衡模拟。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2014 Sep 23;111(38):13852-7. doi: 10.1073/pnas.1404948111. Epub 2014 Sep 5.
6
Quantum chemical calculations of amide-15N chemical shift anisotropy tensors for a membrane-bound cytochrome-b5.酰胺-15N 化学位移各向异性张量的量子化学计算在膜结合细胞色素-b5 中。
J Phys Chem B. 2013 Jan 24;117(3):859-67. doi: 10.1021/jp311116p. Epub 2013 Jan 10.
7
Protein fold determined by paramagnetic magic-angle spinning solid-state NMR spectroscopy.通过顺磁魔角旋转固态 NMR 光谱学确定蛋白质折叠。
Nat Chem. 2012 Mar 18;4(5):410-7. doi: 10.1038/nchem.1299.
8
Accurate structure and dynamics of the metal-site of paramagnetic metalloproteins from NMR parameters using natural bond orbitals.使用自然键轨道从 NMR 参数确定顺磁金属蛋白中金属部位的精确结构和动力学。
J Am Chem Soc. 2012 Mar 14;134(10):4670-82. doi: 10.1021/ja209348p. Epub 2012 Mar 6.
9
Chemical shift prediction for protein structure calculation and quality assessment using an optimally parameterized force field.使用经过最优参数化的力场进行蛋白质结构计算和质量评估的化学位移预测。
Prog Nucl Magn Reson Spectrosc. 2012 Jan;60:1-28. doi: 10.1016/j.pnmrs.2011.05.002. Epub 2011 May 23.
10
Structure-based prediction of methyl chemical shifts in proteins.基于结构的蛋白质中甲基化学位移预测。
J Biomol NMR. 2011 Aug;50(4):331-46. doi: 10.1007/s10858-011-9524-2. Epub 2011 Jul 12.