Abteilung Molekulare Genetik (B060), Deutsches Krebsforschungszentrum, Im Neuenheimer Feld 280, Heidelberg D-69120, Germany.
Genes Chromosomes Cancer. 2010 Jan;49(1):9-16. doi: 10.1002/gcc.20714.
Gene copy number aberrations are involved in oral squamous cell carcinoma (OSCC) development. To delineate candidate genes inside critical chromosomal regions, array-CGH was applied to 40 OSCC specimens using a microarray covering the whole human genome with an average resolution of 1 Mb. Gene copy number gains were predominantly found at 1q23 (9 cases), 3q26 (11), 5p15 (13), 7p11 (7), 8q24 (17), 11q13 (15), 14q32 (8), 19p13 (8), 19q12 (7), 19q13 (8), and 20q13 (9), whereas gene copy number losses were detected at 3p21-3p12 (15), 8p32 (11), 10p12 (8), and 18q21-q23 (10). Subsequent mRNA expression analyses by quantitative real time polymerase chain reaction found high mRNA expression of candidate genes SOX2 in 3q26.33, FSLT3 in 19p13.3, and CCNE1 in 19q12. Tissue microarray (TMA) analyses in a representative OSCC collection found gene copy number gain for SOX2 in 52% (115/223) and for CCNE1 in 31% (72/233) of the tumors. Immunohistochemical analyses on TMA sections of the corresponding proteins detected high expression of SOX2 in 18.1% (49/271) and of CyclinE1 in 23.3% (64/275) of tumors analyzed. These findings indicate that SOX2 and CCNE1 might be activated via gene copy number gain and participate in oral carcinogenesis. The combination of array-CGH with TMA analyses allows rapid pinpointing of novel promising candidate genes, which might be used as therapeutic stratification markers or target molecules for therapeutic interference.
基因拷贝数异常参与口腔鳞状细胞癌（OSCC）的发展。为了描绘关键染色体区域内的候选基因，我们应用阵列 CGH 对 40 例 OSCC 标本进行了研究，使用的微阵列覆盖了整个人类基因组，平均分辨率为 1Mb。基因拷贝数增益主要发生在 1q23（9 例）、3q26（11 例）、5p15（13 例）、7p11（7 例）、8q24（17 例）、11q13（15 例）、14q32（8 例）、19p13（8 例）、19q12（7 例）和 19q13（8 例），而基因拷贝数缺失则发生在 3p21-3p12（15 例）、8p32（11 例）、10p12（8 例）和 18q21-q23（10 例）。随后通过实时定量聚合酶链反应进行的候选基因 mRNA 表达分析发现，在 3q26.33 中 SOX2 基因的 mRNA 表达较高，在 19p13.3 中 FSLT3 基因的 mRNA 表达较高，在 19q12 中 CCNE1 基因的 mRNA 表达较高。在代表性 OSCC 样本的组织微阵列（TMA）分析中，发现 52%（115/223）的肿瘤中 SOX2 基因的拷贝数增加，31%（72/233）的肿瘤中 CCNE1 基因的拷贝数增加。对相应蛋白的 TMA 切片进行免疫组织化学分析发现，在分析的 271 例肿瘤中，SOX2 蛋白的高表达率为 18.1%（49/271），CyclinE1 蛋白的高表达率为 23.3%（64/275）。这些发现表明，SOX2 和 CCNE1 可能通过基因拷贝数增加而被激活，并参与口腔癌变。阵列 CGH 与 TMA 分析相结合，可以快速确定新的有前途的候选基因，这些基因可作为治疗分层标记物或治疗干预的靶分子。
