• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

emPAI Calc——用于通过液相色谱-串联质谱法从大规模鉴定数据中估算蛋白质丰度。

emPAI Calc--for the estimation of protein abundance from large-scale identification data by liquid chromatography-tandem mass spectrometry.

机构信息

Human Metabolome Technologies, Inc., Tsuruoka, Yamagata, Japan.

出版信息

Bioinformatics. 2010 Feb 15;26(4):576-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btp700. Epub 2009 Dec 22.

DOI:10.1093/bioinformatics/btp700
PMID:20031975
Abstract

emPAI Calc is an open-source web application for the estimation of protein abundance. It uses the correlation between the number of identified peptides and protein abundance in mass spectrometry-based proteomic experiments. The program is the first implementation of our previously reported emPAI algorithm; it calculates the emPAI from the protein identification results obtained by database search engines such as Mascot.

摘要

emPAI Calc 是一个用于估计蛋白质丰度的开源网络应用程序。它使用基于质谱的蛋白质组学实验中鉴定肽的数量与蛋白质丰度之间的相关性。该程序是我们之前报道的 emPAI 算法的首次实现；它根据 Mascot 等数据库搜索引擎获得的蛋白质鉴定结果计算 emPAI。

相似文献

1
emPAI Calc--for the estimation of protein abundance from large-scale identification data by liquid chromatography-tandem mass spectrometry.emPAI Calc——用于通过液相色谱-串联质谱法从大规模鉴定数据中估算蛋白质丰度。
Bioinformatics. 2010 Feb 15;26(4):576-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btp700. Epub 2009 Dec 22.
2
Compid: a new software tool to integrate and compare MS/MS based protein identification results from Mascot and Paragon.Compid：一个新的软件工具，用于整合和比较 Mascot 和 Paragon 基于 MS/MS 的蛋白质鉴定结果。
J Proteome Res. 2010 Dec 3;9(12):6795-800. doi: 10.1021/pr100824w. Epub 2010 Nov 11.
3
An algorithm for identifying multiply modified endogenous proteins using both full-scan and high-resolution tandem mass spectrometric data.一种同时使用全扫描和高分辨串联质谱数据鉴定多重修饰内源性蛋白质的算法。
Rapid Commun Mass Spectrom. 2011 Dec 15;25(23):3617-26. doi: 10.1002/rcm.5257.
4
i-RUBY: a novel software for quantitative analysis of highly accurate shotgun-proteomics liquid chromatography/tandem mass spectrometry data obtained without stable-isotope labeling of proteins.i-RUBY：一种新型软件，用于对未进行蛋白质稳定同位素标记的高精准性 shotgun 蛋白质组学液相色谱/串联质谱获得的数据进行定量分析。
Rapid Commun Mass Spectrom. 2011 Apr 15;25(7):960-8. doi: 10.1002/rcm.4943. Epub 2011 Mar 14.
5
Elective affinities--bioinformatic analysis of proteomic mass spectrometry data.选修亲和力——蛋白质组学质谱数据分析的生物信息学分析。
Arch Physiol Biochem. 2009 Dec;115(5):311-9. doi: 10.3109/13813450903390039.
6
Shotgun protein analysis by liquid chromatography-tandem mass spectrometry.通过液相色谱-串联质谱法进行鸟枪法蛋白质分析。
Methods Mol Biol. 2009;519:483-94. doi: 10.1007/978-1-59745-281-6_32.
7
Algorithms for the de novo sequencing of peptides from tandem mass spectra.串联质谱肽从头测序的算法。
Expert Rev Proteomics. 2011 Oct;8(5):645-57. doi: 10.1586/epr.11.54.
8
VEMS 3.0: algorithms and computational tools for tandem mass spectrometry based identification of post-translational modifications in proteins.VEMS 3.0：用于基于串联质谱法鉴定蛋白质翻译后修饰的算法和计算工具
J Proteome Res. 2005 Nov-Dec;4(6):2338-47. doi: 10.1021/pr050264q.
9
De novo sequencing methods in proteomics.蛋白质组学中的从头测序方法。
Methods Mol Biol. 2010;604:105-21. doi: 10.1007/978-1-60761-444-9_8.
10
PeaksPTM: Mass spectrometry-based identification of peptides with unspecified modifications.PeaksPTM：基于质谱的未指定修饰肽的鉴定。
J Proteome Res. 2011 Jul 1;10(7):2930-6. doi: 10.1021/pr200153k. Epub 2011 May 24.

引用本文的文献

1
Proteomic Re-Structuring in the Salt-Sensitive Rice Genotype Comparable to Its Salt-Tolerant Counterpart Mediated by an ACC Deaminase-Producing Endophytic Bacteria under Salt Stress.在盐胁迫下，由产ACC脱氨酶的内生细菌介导的盐敏感水稻基因型中的蛋白质组重构，与耐盐对应基因型相当。
J Microbiol Biotechnol. 2025 Jun 12;35:e2412074. doi: 10.4014/jmb.2412.12074.
2
Interfacial Interactions between Neural Tracing Lectin-Gold Nanoparticle Conjugate and Cell Membrane Glycoproteins.神经示踪凝集素-金纳米颗粒缀合物与细胞膜糖蛋白之间的界面相互作用
Langmuir. 2025 Apr 29;41(16):10161-10176. doi: 10.1021/acs.langmuir.4c05034. Epub 2025 Apr 16.
3
The interactome of the Bakers' yeast peroxiredoxin Tsa1 implicates it in the redox regulation of intermediary metabolism, glycolysis and zinc homeostasis.
面包酵母过氧化物还原酶Tsa1的相互作用组表明它参与中间代谢、糖酵解和锌稳态的氧化还原调节。
bioRxiv. 2025 Feb 21:2025.02.18.638137. doi: 10.1101/2025.02.18.638137.
4
Proteomic analysis reveals the roles of silicon in mitigating glyphosate-induced toxicity in Brassica napus L.蛋白质组学分析揭示了硅在减轻草甘膦对甘蓝型油菜诱导毒性中的作用。
Sci Rep. 2025 Jan 20;15(1):2465. doi: 10.1038/s41598-025-87024-5.
5
Serum Proteomic Predictors of Calcification of Solitary Cysticercus Granuloma.血清蛋白质组学预测孤立性囊尾蚴肉芽肿钙化。
Am J Trop Med Hyg. 2024 Sep 10;111(5):1015-1019. doi: 10.4269/ajtmh.24-0325. Print 2024 Nov 6.
6
Production of a bacterial secretome highly efficient for the deconstruction of xylans.高效生产细菌 secretome 用于木聚糖的解构。
World J Microbiol Biotechnol. 2024 Jul 13;40(9):266. doi: 10.1007/s11274-024-04075-y.
7
Membrane vesicles in class extreme acidophiles: influence on collective behaviors of ''.极端嗜酸菌中的膜泡：对“……集体行为的影响”
Front Microbiol. 2024 Jan 26;14:1331363. doi: 10.3389/fmicb.2023.1331363. eCollection 2023.
8
Cell cycle-dependent gene networks for cell proliferation activated by nuclear CK2α complexes.核 CK2α 复合物激活的细胞增殖的细胞周期依赖性基因网络。
Life Sci Alliance. 2023 Oct 31;7(1). doi: 10.26508/lsa.202302077. Print 2024 Jan.
9
Environmental pro-oxidants induce altered envelope protein profiles in human keratinocytes.环境促氧化剂诱导人角质形成细胞包膜蛋白谱改变。
Toxicol Sci. 2023 Dec 21;197(1):16-26. doi: 10.1093/toxsci/kfad103.
10
Microbe-Responsive Proteomes During Plant-Microbe Interactions Between Rice Genotypes and the Multifunctional Methylobacterium oryzae CBMB20.水稻基因型与多功能甲基营养型芽孢杆菌CBMB20之间植物-微生物相互作用过程中的微生物响应蛋白质组
Rice (N Y). 2023 May 5;16(1):23. doi: 10.1186/s12284-023-00639-y.