• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

大肠杆菌中未经修饰的 tRNAPhe 的晶体结构。

The crystal structure of unmodified tRNAPhe from Escherichia coli.

机构信息

York Structural Biology Laboratory, Department of Chemistry, University of York, Heslington, North Yorkshire, YO10 5YW, UK.

出版信息

Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(12):4154-62. doi: 10.1093/nar/gkq133. Epub 2010 Mar 4.

DOI:10.1093/nar/gkq133
PMID:20203084
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2896525/
Abstract

Post-transcriptional nucleoside modifications fine-tune the biophysical and biochemical properties of transfer RNA (tRNA) so that it is optimized for participation in cellular processes. Here we report the crystal structure of unmodified tRNA(Phe) from Escherichia coli at a resolution of 3 A. We show that in the absence of modifications the overall fold of the tRNA is essentially the same as that of mature tRNA. However, there are a number of significant structural differences, such as rearrangements in a triplet base pair and a widened angle between the acceptor and anticodon stems. Contrary to previous observations, the anticodon adopts the same conformation as seen in mature tRNA.

摘要

转录后核苷修饰微调转移 RNA(tRNA)的物理化学性质,使其优化参与细胞过程。在这里,我们报道了来自大肠杆菌的未修饰 tRNA(Phe)的晶体结构,分辨率为 3 A。我们表明,在没有修饰的情况下,tRNA 的整体折叠与成熟 tRNA 基本相同。然而,存在许多显著的结构差异,例如三联体碱基对的重排和接受体与反密码子茎之间的角度增大。与先前的观察结果相反,反密码子采用与成熟 tRNA 相同的构象。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/f410113ff644/gkq133f7.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/21966a217f53/gkq133f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/a58c6cf6af2c/gkq133f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/427bd6f6d627/gkq133f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/1e35ea784e05/gkq133f4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/cab8bd474ea8/gkq133f5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/2ebc71d24ccd/gkq133f6.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/f410113ff644/gkq133f7.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/21966a217f53/gkq133f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/a58c6cf6af2c/gkq133f2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/427bd6f6d627/gkq133f3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/1e35ea784e05/gkq133f4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/cab8bd474ea8/gkq133f5.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/2ebc71d24ccd/gkq133f6.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2cf4/2896525/f410113ff644/gkq133f7.jpg

相似文献

1
The crystal structure of unmodified tRNAPhe from Escherichia coli.大肠杆菌中未经修饰的 tRNAPhe 的晶体结构。
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(12):4154-62. doi: 10.1093/nar/gkq133. Epub 2010 Mar 4.
2
Solution conformations of unmodified and A(37)N(6)-dimethylallyl modified anticodon stem-loops of Escherichia coli tRNA(Phe).未修饰的和A(37)N(6)-二甲基烯丙基修饰的大肠杆菌苯丙氨酸转运核糖核酸反密码子茎环的溶液构象
J Mol Biol. 2002 Jun 21;319(5):1015-34. doi: 10.1016/S0022-2836(02)00382-0.
3
Solution structure of psi32-modified anticodon stem-loop of Escherichia coli tRNAPhe.大肠杆菌苯丙氨酸转运核糖核酸(tRNAPhe)中psi32修饰的反密码子茎环的溶液结构
Nucleic Acids Res. 2005 Dec 23;33(22):6961-71. doi: 10.1093/nar/gki1004. Print 2005.
4
Base pairing within the psi32,psi39-modified anticodon arm of Escherichia coli tRNA(Phe).大肠杆菌苯丙氨酸转运RNA(tRNA(Phe))的ψ32、ψ39修饰反密码子臂内的碱基配对
J Am Chem Soc. 2006 Dec 13;128(49):15570-1. doi: 10.1021/ja0659368.
5
Metal ion stabilization of the U-turn of the A37 N6-dimethylallyl-modified anticodon stem-loop of Escherichia coli tRNAPhe.金属离子对大肠杆菌苯丙氨酸转运核糖核酸(tRNAPhe)A37位N6-二甲基烯丙基修饰的反密码子茎环U型转弯的稳定作用
Biochemistry. 2004 Jan 13;43(1):55-66. doi: 10.1021/bi0353676.
6
Posttranscriptional modifications at the 37th position in the anticodon stem-loop of tRNA: structural insights from MD simulations.反密码子茎环第 37 位的转录后修饰:MD 模拟的结构见解。
RNA. 2021 Feb;27(2):202-220. doi: 10.1261/rna.078097.120. Epub 2020 Nov 19.
7
The crystal structure of phenylalanyl-tRNA synthetase from thermus thermophilus complexed with cognate tRNAPhe.嗜热栖热菌苯丙氨酰 - tRNA合成酶与同源tRNAPhe复合物的晶体结构。
Structure. 1997 Jan 15;5(1):59-68. doi: 10.1016/s0969-2126(97)00166-4.
8
Determination of the angle between the anticodon and aminoacyl acceptor stems of yeast phenylalanyl tRNA in solution.溶液中酵母苯丙氨酰tRNA反密码子与氨酰基受体茎之间夹角的测定。
Proc Natl Acad Sci U S A. 1995 May 23;92(11):4803-7. doi: 10.1073/pnas.92.11.4803.
9
The angle between the anticodon and aminoacyl acceptor stems of yeast tRNA(Phe) is strongly modulated by magnesium ions.酵母苯丙氨酸转运核糖核酸(tRNA(Phe))的反密码子与氨酰基受体茎之间的夹角受到镁离子的强烈调控。
Biochemistry. 1997 May 20;36(20):6090-9. doi: 10.1021/bi970066f.
10
RNA-protein mutually induced fit: structure of Escherichia coli isopentenyl-tRNA transferase in complex with tRNA(Phe).RNA-蛋白质相互诱导契合:与苯丙氨酸转运RNA(tRNA(Phe))结合的大肠杆菌异戊烯基转运RNA转移酶的结构
J Biol Chem. 2009 Mar 13;284(11):6600-4. doi: 10.1074/jbc.C800235200. Epub 2009 Jan 21.

引用本文的文献

1
A conserved viral RNA fold enables nuclease resistance across kingdoms of life.一种保守的病毒RNA折叠结构使核酸酶在整个生命王国中都具有抗性。
Nucleic Acids Res. 2025 Aug 27;53(16). doi: 10.1093/nar/gkaf840.
2
Imino chemical shift assignments of tRNA, tRNA and tRNA from Escherichia coli.大肠杆菌 tRNA、tRNA 和 tRNA 的亚氨基化学位移赋值。
Biomol NMR Assign. 2024 Dec;18(2):323-331. doi: 10.1007/s12104-024-10207-0. Epub 2024 Oct 4.
3
On the Nature of the Last Common Ancestor: A Story from its Translation Machinery.从翻译机器看最后的共同祖先的本质:一个故事。

本文引用的文献

1
Phaser crystallographic software.相位结晶学软件。
J Appl Crystallogr. 2007 Aug 1;40(Pt 4):658-674. doi: 10.1107/S0021889807021206. Epub 2007 Jul 13.
2
Snapshots of dynamics in synthesizing N(6)-isopentenyladenosine at the tRNA anticodon.tRNA反密码子处合成N(6)-异戊烯基腺苷动力学的动态快照。
Biochemistry. 2009 Jun 16;48(23):5057-65. doi: 10.1021/bi900337d.
3
RNA-protein mutually induced fit: structure of Escherichia coli isopentenyl-tRNA transferase in complex with tRNA(Phe).RNA-蛋白质相互诱导契合:与苯丙氨酸转运RNA(tRNA(Phe))结合的大肠杆菌异戊烯基转运RNA转移酶的结构
J Mol Evol. 2024 Oct;92(5):593-604. doi: 10.1007/s00239-024-10199-4. Epub 2024 Sep 11.
4
Rational design of oligonucleotides for enhanced in vitro transcription of small RNA.小 RNA 体外转录增强的寡核苷酸的合理设计。
RNA. 2024 May 16;30(6):710-727. doi: 10.1261/rna.079923.123.
5
Probing the structure of human tRNA in the presence of ligands using docking, MD simulations and MSM analysis.利用对接、分子动力学模拟和马尔可夫状态模型分析,探究配体存在下人类转运RNA的结构。
RSC Adv. 2023 Aug 30;13(37):25778-25796. doi: 10.1039/d3ra03694d. eCollection 2023 Aug 29.
6
Structural basis for a degenerate tRNA identity code and the evolution of bimodal specificity in human mitochondrial tRNA recognition.人类线粒体 tRNA 识别的简并 tRNA 身份密码的结构基础和双峰特异性的进化
Nat Commun. 2023 Aug 9;14(1):4794. doi: 10.1038/s41467-023-40354-2.
7
Probing the conformational changes of overexpressed cell cycle regulator 6S ncRNA.探究过表达的细胞周期调节因子6S非编码RNA的构象变化。
Front Mol Biosci. 2023 Jul 17;10:1219668. doi: 10.3389/fmolb.2023.1219668. eCollection 2023.
8
Structural basis of substrate recognition by human tRNA splicing endonuclease TSEN.人 tRNA 剪接内切酶 TSEN 识别底物的结构基础。
Nat Struct Mol Biol. 2023 Jun;30(6):834-840. doi: 10.1038/s41594-023-00992-y. Epub 2023 May 25.
9
Structural and dynamic effects of pseudouridine modifications on noncanonical interactions in RNA.假尿嘧啶核苷修饰对 RNA 非canonical 相互作用的结构和动力学影响。
RNA. 2023 Jun;29(6):790-807. doi: 10.1261/rna.079506.122. Epub 2023 Mar 3.
10
Ribosome collisions induce mRNA cleavage and ribosome rescue in bacteria.核糖体碰撞诱导细菌中 mRNA 的切割和核糖体的拯救。
Nature. 2022 Mar;603(7901):503-508. doi: 10.1038/s41586-022-04416-7. Epub 2022 Mar 9.
J Biol Chem. 2009 Mar 13;284(11):6600-4. doi: 10.1074/jbc.C800235200. Epub 2009 Jan 21.
4
tRNAdb 2009: compilation of tRNA sequences and tRNA genes.tRNA数据库2009版:tRNA序列与tRNA基因汇编
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D159-62. doi: 10.1093/nar/gkn772. Epub 2008 Oct 28.
5
A unique conformation of the anticodon stem-loop is associated with the capacity of tRNAfMet to initiate protein synthesis.反密码子茎环的独特构象与起始甲硫氨酸转运RNA(tRNAfMet)启动蛋白质合成的能力相关。
Nucleic Acids Res. 2008 Sep;36(15):4894-901. doi: 10.1093/nar/gkn462. Epub 2008 Jul 24.
6
Bringing order to translation: the contributions of transfer RNA anticodon-domain modifications.让翻译变得有序:转运RNA反密码子结构域修饰的作用
EMBO Rep. 2008 Jul;9(7):629-35. doi: 10.1038/embor.2008.104. Epub 2008 Jun 13.
7
Structure of the 70S ribosome complexed with mRNA and tRNA.与信使核糖核酸(mRNA)和转运核糖核酸(tRNA)复合的70S核糖体的结构。
Science. 2006 Sep 29;313(5795):1935-42. doi: 10.1126/science.1131127. Epub 2006 Sep 7.
8
Solution structure of psi32-modified anticodon stem-loop of Escherichia coli tRNAPhe.大肠杆菌苯丙氨酸转运核糖核酸(tRNAPhe)中psi32修饰的反密码子茎环的溶液结构
Nucleic Acids Res. 2005 Dec 23;33(22):6961-71. doi: 10.1093/nar/gki1004. Print 2005.
9
Scaling and assessment of data quality.数据质量的评估与分级
Acta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2006 Jan;62(Pt 1):72-82. doi: 10.1107/S0907444905036693. Epub 2005 Dec 14.
10
Crystal structure of Bacillus anthracis ThiI, a tRNA-modifying enzyme containing the predicted RNA-binding THUMP domain.炭疽芽孢杆菌硫胺素合成酶ThiI的晶体结构,一种含有预测的RNA结合THUMP结构域的tRNA修饰酶。
J Mol Biol. 2006 Feb 10;356(1):97-110. doi: 10.1016/j.jmb.2005.11.013. Epub 2005 Nov 22.