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斯洛文尼亚人群中 49 个常染色体 SNP 的 SNaPshot 分型。

Typing of 49 autosomal SNPs by SNaPshot in the Slovenian population.

机构信息

Faculty of Criminal Justice and Security, University of Maribor, Kotnikova 8, 1000 Ljubljana, Slovenia.

出版信息

Forensic Sci Int Genet. 2010 Oct;4(5):e125-7. doi: 10.1016/j.fsigen.2010.01.014. Epub 2010 Mar 1.

DOI:10.1016/j.fsigen.2010.01.014
PMID:20457083
Abstract

A total of 157 unrelated individuals residing in Slovenia were typed for 49 of the autosomal single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the SNPforID 52plex with the SNaPshot assay. We obtained full SNP profiles in all but one individual and perfect concordance was obtained in duplicated analyses. Allele frequencies are presented for the 49 SNPs. No deviation from HWE was observed for any SNP. F(IS) and F(ST) were estimated. A principal coordinate analysis performed on six populations (Slovenian, Danish, Somali, Greenland, Turkish and Chinese) showed that the Slovenian population grouped with the Danish population. The mean power of discrimination for the Slovenian population was 1.1 x 10(-19), and the mean exclusion probability for trios was 99.96%.

摘要

共对居住在斯洛文尼亚的 157 名无关个体进行了 SNPforID 52plex 中 49 个常染色体单核苷酸多态性(SNP)的分型,使用的方法是 SNaPshot assay。除了 1 个人之外,我们在其他人中均获得了完整的 SNP 图谱,并且在重复分析中获得了完美的一致性。呈现了 49 个 SNP 的等位基因频率。没有观察到任何 SNP 偏离 HWE。估计了 F(IS)和 F(ST)。对 6 个人群(斯洛文尼亚、丹麦、索马里、格陵兰、土耳其和中国)进行的主坐标分析表明,斯洛文尼亚人群与丹麦人群聚在一起。斯洛文尼亚人群的平均鉴别力为 1.1 x 10(-19),三对的平均排除概率为 99.96%。

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