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RefProtDom：一个具有改进的结构域边界和同源关系的蛋白质数据库。

RefProtDom: a protein database with improved domain boundaries and homology relationships.

机构信息

Department of Biological Sciences, University of Maryland Baltimore County, Baltimore, MD 21250, USA.

出版信息

Bioinformatics. 2010 Sep 15;26(18):2361-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btq426. Epub 2010 Aug 6.

DOI:10.1093/bioinformatics/btq426
PMID:20693322
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2935417/
Abstract

UNLABELLED

RefProtDom provides a set of divergent query domains, originally selected from Pfam, and full-length proteins containing their homologous domains, with diverse architectures, for evaluating pair-wise and iterative sequence similarity searches. Pfam homology and domain boundary annotations in the target library were supplemented using local and semi-global searches, PSI-BLAST searches, and SCOP and CATH classifications.

AVAILABILITY

RefProtDom is available from http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/PUBS/gonzalez09a.

摘要

未标注

RefProtDom 提供了一组从 Pfam 中选择的不同查询域，以及包含其同源结构域的全长蛋白质，这些蛋白质具有不同的结构，用于评估两两和迭代序列相似性搜索。目标库中的 Pfam 同源性和结构域边界注释使用局部和半全局搜索、PSI-BLAST 搜索以及 SCOP 和 CATH 分类进行补充。

可利用性

RefProtDom 可从 http://faculty.virginia.edu/wrpearson/fasta/PUBS/gonzalez09a 获取。