• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

一个用于自动化反应映射的开源 Java 平台。

An open-source java platform for automated reaction mapping.

机构信息

Department of Computer Information Systems, University of North Alabama, Florence, Alabama 35632, USA.

出版信息

J Chem Inf Model. 2010 Sep 27;50(9):1751-6. doi: 10.1021/ci100061d.

DOI:10.1021/ci100061d
PMID:20715832
Abstract

This article presents software applications that have been built upon a modular, open-source, reaction mapping library that can be used in both cheminformatics and bioinformatics research. We first describe the theoretical underpinnings and modular architecture of the core software library. We then describe two applications that have been built upon that core. The first is a generic reaction viewer and mapper, and the second classifies reactions according to rules that can be modified by end users with little or no programming skills.

摘要

本文介绍了基于模块化、开源反应映射库的软件应用程序,可用于化学信息学和生物信息学研究。我们首先描述了核心软件库的理论基础和模块化架构。然后描述了两个基于该核心构建的应用程序。第一个是通用的反应查看器和映射器,第二个根据可以由具有很少或没有编程技能的最终用户修改的规则对反应进行分类。

相似文献

1
An open-source java platform for automated reaction mapping.一个用于自动化反应映射的开源 Java 平台。
J Chem Inf Model. 2010 Sep 27;50(9):1751-6. doi: 10.1021/ci100061d.
2
jmzML, an open-source Java API for mzML, the PSI standard for MS data.jmzML,一个用于 mzML 的开源 Java API,mzML 是 MS 数据的 PSI 标准。
Proteomics. 2010 Apr;10(7):1332-5. doi: 10.1002/pmic.200900719.
3
Object technology: raising the standards for healthcare information systems.对象技术:提升医疗保健信息系统的标准。
Stud Health Technol Inform. 1998;52 Pt 1:217-21.
4
Integrating medical applications in an open architecture through generic and reusable components.通过通用且可重复使用的组件,在开放式架构中集成医疗应用程序。
Stud Health Technol Inform. 2001;84(Pt 1):63-7.
5
Chemical Descriptors Library (CDL): a generic, open source software library for chemical informatics.化学描述符库(CDL):一个用于化学信息学的通用开源软件库。
J Chem Inf Model. 2008 Oct;48(10):1931-42. doi: 10.1021/ci800135h. Epub 2008 Sep 20.
6
cPath: open source software for collecting, storing, and querying biological pathways.cPath:用于收集、存储和查询生物途径的开源软件。
BMC Bioinformatics. 2006 Nov 13;7:497. doi: 10.1186/1471-2105-7-497.
7
Optimizing the use of open-source software applications in drug discovery.优化开源软件应用在药物发现中的使用。
Drug Discov Today. 2006 Feb;11(3-4):127-32. doi: 10.1016/S1359-6446(05)03692-5.
8
Distributed chemical computing using ChemStar: an open source java remote method invocation architecture applied to large scale molecular data from PubChem.使用ChemStar进行分布式化学计算:一种应用于来自PubChem的大规模分子数据的开源Java远程方法调用架构。
J Chem Inf Model. 2008 Apr;48(4):691-703. doi: 10.1021/ci700334f. Epub 2008 Apr 11.
9
FunSiP: a modular and extensible classifier for the prediction of functional sites in DNA.FunSiP:一种用于预测DNA功能位点的模块化可扩展分类器。
Bioinformatics. 2008 Jul 1;24(13):1532-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btn225. Epub 2008 May 12.
10
UniProtJAPI: a remote API for accessing UniProt data.UniProtJAPI:用于访问UniProt数据的远程应用程序编程接口。
Bioinformatics. 2008 May 15;24(10):1321-2. doi: 10.1093/bioinformatics/btn122. Epub 2008 Apr 4.

引用本文的文献

1
Automated reaction database and reaction network analysis: extraction of reaction templates using cheminformatics.自动化反应数据库与反应网络分析:利用化学信息学提取反应模板
J Cheminform. 2018 Mar 9;10(1):11. doi: 10.1186/s13321-018-0269-8.
2
Atom mapping with constraint programming.基于约束规划的原子映射
Algorithms Mol Biol. 2014 Nov 29;9(1):23. doi: 10.1186/s13015-014-0023-3. eCollection 2014.
3
The strength of chemical linkage as a criterion for pruning metabolic graphs.化学键强度作为修剪代谢网络图的标准。
Bioinformatics. 2011 Jul 15;27(14):1957-63. doi: 10.1093/bioinformatics/btr271. Epub 2011 May 5.