• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

GeneMANIA Cytoscape 插件：在桌面上进行快速的基因功能预测。

GeneMANIA Cytoscape plugin: fast gene function predictions on the desktop.

机构信息

Banting and Best Department of Medical Research, The Donnelly Centre, University of Toronto, 160 College Street, Toronto, ON, M5S 3E1, Canada.

出版信息

Bioinformatics. 2010 Nov 15;26(22):2927-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btq562. Epub 2010 Oct 5.

DOI:10.1093/bioinformatics/btq562
PMID:20926419
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC2971582/
Abstract

UNLABELLED

The GeneMANIA Cytoscape plugin brings fast gene function prediction capabilities to the desktop. GeneMANIA identifies the most related genes to a query gene set using a guilt-by-association approach. The plugin uses over 800 networks from six organisms and each related gene is traceable to the source network used to make the prediction. Users may add their own interaction networks and expression profile data to complement or override the default data.

AVAILABILITY AND IMPLEMENTATION

The GeneMANIA Cytoscape plugin is implemented in Java and is freely available at http://www.genemania.org/plugin/.

摘要

未标注

GeneMANIA Cytoscape 插件为桌面用户带来了快速的基因功能预测功能。GeneMANIA 使用关联性推断方法，根据查询基因集来确定最相关的基因。该插件使用来自六个生物体的 800 多个网络，并且每个相关基因都可以追溯到用于进行预测的源网络。用户可以添加自己的交互网络和表达谱数据，以补充或覆盖默认数据。

可用性和实现

GeneMANIA Cytoscape 插件是用 Java 实现的，可以在 http://www.genemania.org/plugin/ 免费获得。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9402/2971582/dc721788d216/btq562f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9402/2971582/dc721788d216/btq562f1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/9402/2971582/dc721788d216/btq562f1.jpg

相似文献

1
GeneMANIA Cytoscape plugin: fast gene function predictions on the desktop.GeneMANIA Cytoscape 插件：在桌面上进行快速的基因功能预测。
Bioinformatics. 2010 Nov 15;26(22):2927-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btq562. Epub 2010 Oct 5.
2
PiNGO: a Cytoscape plugin to find candidate genes in biological networks.PiNGO：一个 Cytoscape 插件，用于在生物网络中寻找候选基因。
Bioinformatics. 2011 Apr 1;27(7):1030-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btr045. Epub 2011 Jan 28.
3
Integrating and annotating the interactome using the MiMI plugin for cytoscape.使用用于Cytoscape的MiMI插件整合和注释蛋白质相互作用组。
Bioinformatics. 2009 Jan 1;25(1):137-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btn501. Epub 2008 Sep 23.
4
NOA: a cytoscape plugin for network ontology analysis.NOA：一个用于网络本体分析的 cytoscape 插件。
Bioinformatics. 2013 Aug 15;29(16):2066-7. doi: 10.1093/bioinformatics/btt334. Epub 2013 Jun 7.
5
GeneMANIA prediction server 2013 update.GeneMANIA 预测服务器 2013 更新。
Nucleic Acids Res. 2013 Jul;41(Web Server issue):W115-22. doi: 10.1093/nar/gkt533.
6
The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function.GeneMANIA 预测服务器：用于基因优先级排序和预测基因功能的生物网络集成。
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W214-20. doi: 10.1093/nar/gkq537.
7
SpotXplore: a Cytoscape plugin for visual exploration of hotspot expression in gene regulatory networks.SpotXplore：一个 Cytoscape 的插件，用于可视化探索基因调控网络中的热点表达。
Bioinformatics. 2010 Nov 15;26(22):2922-3. doi: 10.1093/bioinformatics/btq535. Epub 2010 Sep 21.
8
JEPETTO: a Cytoscape plugin for gene set enrichment and topological analysis based on interaction networks.JEPETTO：一个基于交互网络的基因集富集和拓扑分析 Cytoscape 插件。
Bioinformatics. 2014 Apr 1;30(7):1029-30. doi: 10.1093/bioinformatics/btt732. Epub 2013 Dec 19.
9
DisGeNET: a Cytoscape plugin to visualize, integrate, search and analyze gene-disease networks.DisGeNET：一个 Cytoscape 插件，用于可视化、集成、搜索和分析基因-疾病网络。
Bioinformatics. 2010 Nov 15;26(22):2924-6. doi: 10.1093/bioinformatics/btq538. Epub 2010 Sep 21.
10
GeneMANIA update 2018.GeneMANIA 更新 2018.
Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W60-W64. doi: 10.1093/nar/gky311.

引用本文的文献

1
Deciphering Autoantigen Signatures in Chikungunya Virus Infection Using Machine Learning: A Data-Driven Approach to Understand Host Immunity.利用机器学习解析基孔肯雅病毒感染中的自身抗原特征：一种理解宿主免疫的数据驱动方法
Curr Microbiol. 2025 Sep 15;82(11):501. doi: 10.1007/s00284-025-04489-3.
2
Systems approach identifies monocyte imbalance in symptomatic and asymptomatic P. vivax malaria.系统方法识别有症状和无症状间日疟原虫疟疾中的单核细胞失衡。
Mol Syst Biol. 2025 Aug 19. doi: 10.1038/s44320-025-00135-z.
3
Pareto task inference analysis reveals cellular trade-offs in diffuse large B-Cell lymphoma transcriptomic data.

本文引用的文献

1
The GeneMANIA prediction server: biological network integration for gene prioritization and predicting gene function.GeneMANIA 预测服务器：用于基因优先级排序和预测基因功能的生物网络集成。
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W214-20. doi: 10.1093/nar/gkq537.
2
Fast integration of heterogeneous data sources for predicting gene function with limited annotation.快速整合异质数据源，预测具有有限注释的基因功能。
Bioinformatics. 2010 Jul 15;26(14):1759-65. doi: 10.1093/bioinformatics/btq262. Epub 2010 May 27.
3
A compendium of potential biomarkers of pancreatic cancer.
帕累托任务推理分析揭示了弥漫性大B细胞淋巴瘤转录组数据中的细胞权衡。
Front Syst Biol. 2024 Mar 1;4:1346076. doi: 10.3389/fsysb.2024.1346076. eCollection 2024.
4
TRIM13 prevents cardiomyocyte injury by affecting apoptosis through interacting with CD3D in myocardial infarction.TRIM13通过在心肌梗死中与CD3D相互作用影响细胞凋亡来预防心肌细胞损伤。
iScience. 2025 Jul 12;28(8):113101. doi: 10.1016/j.isci.2025.113101. eCollection 2025 Aug 15.
5
A Single-Cell Perspective on the Effects of Dopamine in the Regulation of HIV Latency Phenotypes in a Myeloid Cell Model.单细胞视角下多巴胺对髓细胞模型中HIV潜伏表型调控的影响
Viruses. 2025 Jun 25;17(7):895. doi: 10.3390/v17070895.
6
Unraveling resistance mechanisms to the novel nucleoside analog RX-3117 in lung cancer: insights into DNA repair, cell cycle dysregulation and targeting PKMYT1 for improved therapy.解析肺癌对新型核苷类似物RX-3117的耐药机制：对DNA修复、细胞周期失调及靶向PKMYT1以改善治疗的见解
J Exp Clin Cancer Res. 2025 Jul 24;44(1):217. doi: 10.1186/s13046-025-03470-z.
7
The ORB2 RNA-binding protein represses translation of its target transcripts during the Drosophila maternal-to-zygotic transition via its functionally conserved Zinc-binding 'ZZ' domain.ORB2 RNA 结合蛋白在果蝇母源向合子转变过程中，通过其功能保守的锌结合“ZZ”结构域抑制其靶转录本的翻译。
bioRxiv. 2025 Jul 13:2025.07.10.664187. doi: 10.1101/2025.07.10.664187.
8
Current Bioinformatics Tools in Precision Oncology.精准肿瘤学中的当前生物信息学工具
MedComm (2020). 2025 Jul 9;6(7):e70243. doi: 10.1002/mco2.70243. eCollection 2025 Jul.
9
KRT6A, KRT6B, PKP1, and PKP3 as key hub genes in esophageal cancer: A combined bioinformatics and experimental study.KRT6A、KRT6B、PKP1和PKP3作为食管癌中的关键枢纽基因：一项生物信息学与实验相结合的研究
Biochem Biophys Rep. 2025 Jun 22;43:102095. doi: 10.1016/j.bbrep.2025.102095. eCollection 2025 Sep.
10
Rare and novel variant load threshold for KIF7, GJA1 and PDE1C genes elevates the risk of severity of congenital heart defects in Down syndrome.KIF7、GJA1和PDE1C基因的罕见及新变异负荷阈值会增加唐氏综合征中先天性心脏缺陷的严重程度风险。
PLoS One. 2025 Jun 26;20(6):e0326566. doi: 10.1371/journal.pone.0326566. eCollection 2025.
胰腺癌潜在生物标志物简编。
PLoS Med. 2009 Apr 7;6(4):e1000046. doi: 10.1371/journal.pmed.1000046.
4
NCBI GEO: archive for high-throughput functional genomic data.NCBI基因表达综合数据库：高通量功能基因组数据存档库。
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D885-90. doi: 10.1093/nar/gkn764. Epub 2008 Oct 21.
5
GeneMANIA: a real-time multiple association network integration algorithm for predicting gene function.GeneMANIA：一种用于预测基因功能的实时多重关联网络整合算法。
Genome Biol. 2008;9 Suppl 1(Suppl 1):S4. doi: 10.1186/gb-2008-9-s1-s4. Epub 2008 Jun 27.
6
A critical assessment of Mus musculus gene function prediction using integrated genomic evidence.利用整合基因组证据对小家鼠基因功能预测的批判性评估。
Genome Biol. 2008;9 Suppl 1(Suppl 1):S2. doi: 10.1186/gb-2008-9-s1-s2. Epub 2008 Jun 27.
7
The BioGRID Interaction Database: 2008 update.生物通用互作数据库：2008年更新版
Nucleic Acids Res. 2008 Jan;36(Database issue):D637-40. doi: 10.1093/nar/gkm1001. Epub 2007 Nov 13.
8
Online predicted human interaction database.在线预测的人类相互作用数据库。
Bioinformatics. 2005 May 1;21(9):2076-82. doi: 10.1093/bioinformatics/bti273. Epub 2005 Jan 18.
9
Cytoscape: a software environment for integrated models of biomolecular interaction networks.Cytoscape：用于生物分子相互作用网络集成模型的软件环境。
Genome Res. 2003 Nov;13(11):2498-504. doi: 10.1101/gr.1239303.