医学基因组学数据中的生物标志物发现。

Biomarkers discovery in medical genomics data.

机构信息

LIM&Bio - Laboratoire d'Informatique Médicale et de Bioinformatique - E.A.3969, Université Paris Nord, 74 rue Marcel Cachin, 93017 Bobigny, Cedex, France.

出版信息

Adv Exp Med Biol. 2011;696:327-34. doi: 10.1007/978-1-4419-7046-6_33.

DOI:10.1007/978-1-4419-7046-6_33

PMID:21431573

Abstract

This chapter presents a system, called DiscoCini, assisting the biology experts to explore medical genomics data. First, it computes all the correlations (based on ranks) between gene expression and bioclinical data. The amount of generated results is huge. In a second step, we propose an original visual approach to simply and efficiently explore these results. Thanks to sets of data generated during experiments in the field of the obesities genomics, we show how DiscoClini allows easily identification of complex disease biomarkers.

摘要

本章提出了一个名为 DiscoCini 的系统，帮助生物学专家探索医学基因组学数据。首先，它计算基因表达和生物临床数据之间的所有相关性（基于等级）。生成的结果数量巨大。在第二步中，我们提出了一种原始的可视化方法来简单有效地探索这些结果。通过在肥胖症基因组学领域的实验中生成的数据集，我们展示了 DiscoClini 如何轻松地识别复杂的疾病生物标志物。