Department of Agricultural, Life and Environmental Sciences, University of Alberta, Edmonton, Alberta, Canada.
J Anim Breed Genet. 2011 Aug;128(4):305-13. doi: 10.1111/j.1439-0388.2010.00910.x. Epub 2011 Apr 13.
The objective of this study was to identify single-nucleotide polymorphisms using a bovine chromosome 14 high-density SNP panel after accounting for the effect of DGAT1. Linkage disequilibrium information and sire heterozygosity were used to select markers for linkage analysis on bovine chromosome 14 for milk production traits in 321 Holstein animals. Results show putative milk peaks at 42 and 61 cM, both at p<0.10, a fat yield peak at 42 and 63 cM, both at p<0.05; a protein yield peak at 42 (p<0.01) and 84 cM (p<0.05); fat per cent peaks at 3 (p<0.01) and 29 cM (p<0.05), and a protein per cent peak at 4 cM (p<0.05). Once quantitative trait loci positions were established, allele substitution effects for all markers were evaluated using the same statistical model. Overlaying information between quantitative trait loci (QTL) and allele effect analysis enabled the identification (p<0.01) of 20 SNPs under the milk yield QTL, 2 under both of the fat yield peaks, 8 and 9 under the protein yield peaks, 2 and 6 for the fat per cent peaks and 5 for the protein per cent peak. One SNP in particular, ss61514555:A>C, showed association with 3 of the 5 traits: milk (p=1.59E-04), fat (p=6.88E-05) and protein yields (p=5.76E-05). Overall, combining information from linkage disequilibrium, sire heterozygosity and genetic knowledge of traits enabled the characterization of additional markers with significant associations with milk production traits.
本研究旨在利用牛 14 号染色体高密度 SNP 面板，在考虑 DGAT1 效应的情况下，鉴定单核苷酸多态性。连锁不平衡信息和 sire 杂合性用于选择与牛 14 号染色体连锁分析相关的标记，以用于 321 头荷斯坦动物的产奶性状。结果表明，在 p<0.10 水平下，在 42 和 61cM 处存在乳峰；在 p<0.05 水平下，在 42 和 63cM 处存在脂肪产量峰值；在 p<0.01 水平下，在 42cM 处存在蛋白质产量峰值，在 p<0.05 水平下，在 84cM 处存在蛋白质产量峰值；在 p<0.01 水平下，在 3cM 处存在脂肪百分比峰值，在 p<0.05 水平下，在 29cM 处存在脂肪百分比峰值；在 p<0.05 水平下，在 4cM 处存在蛋白质百分比峰值。一旦确定了数量性状基因座的位置，就使用相同的统计模型评估所有标记的等位基因替代效应。在数量性状基因座（QTL）和等位基因效应分析之间进行信息叠加，使我们能够鉴定出在产奶量 QTL 下的 20 个 SNP，在两个脂肪产量峰下的 2 个 SNP，在蛋白质产量峰下的 8 个和 9 个 SNP，在脂肪百分比峰下的 2 个和 6 个 SNP，在蛋白质百分比峰下的 5 个 SNP。特别是，ss61514555:A>C 这一个 SNP 与 5 个性状中的 3 个有关：乳（p=1.59E-04），脂肪（p=6.88E-05）和蛋白质产量（p=5.76E-05）。总体而言，结合连锁不平衡信息、 sire 杂合性和性状的遗传知识，能够鉴定出与产奶性状显著相关的其他标记。
