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QM/MM 计算蛋白质磁屏蔽张量的广义杂化轨道方法:GIAO 方法。

QM/MM calculation of protein magnetic shielding tensors with generalized hybrid-orbital method: a GIAO approach.

机构信息

Graduate School of System Informatics, Kobe University, Kobe 657-8501, Japan.

出版信息

Phys Chem Chem Phys. 2011 Aug 28;13(32):14490-9. doi: 10.1039/c1cp21001g. Epub 2011 Jul 15.

Abstract

A method to compute magnetic shielding tensors with generalized hybrid-orbital (GHO) QM/MM scheme is developed at the levels of Hartree-Fock and second-order Møller-Plesset perturbation theory using gauge-including atomic orbitals. A feature of the GHO method is utilized to ensure gauge-origin independency of GHO shielding tensors in a simple way. The benchmark calculations indicate that the GHO method reproduced full-QM shielding constants nearly quantitatively for atoms not directly coupled to the GHO linking atoms. As an application to a realistic protein, carbon chemical shifts are calculated for the retinal chromophore in visual rhodopsin.

摘要

发展了一种基于广义杂化轨道(GHO)QM/MM 方案的计算磁共振屏蔽张量的方法,该方法在 HF 和二阶 Møller-Plesset 微扰理论水平上使用了包含自洽场的原子轨道。该 GHO 方法的一个特点是利用它以简单的方式确保 GHO 屏蔽张量在规范原点上的独立性。基准计算表明,对于不直接与 GHO 连接原子耦合的原子,GHO 方法几乎可以定量地再现全量子屏蔽常数。作为对一个实际蛋白质的应用,我们计算了视紫红质中视黄醛发色团的碳化学位移。

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