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用于生物过程分子建模的宇宙实验。

Experiments with a universe for molecular modelling of biological processes.

作者信息

Jedruch W T, Barski M

机构信息

Technical University of Gdansk, Poland.

出版信息

Biosystems. 1990;24(2):99-117. doi: 10.1016/0303-2647(90)90003-j.

DOI:10.1016/0303-2647(90)90003-j
PMID:2249010
Abstract

A computer simulation program and results of preliminary simulations of an abstract two-dimensional universe are presented, in which biological and physical processes can be modelled at the molecular level. Two types of permanent elements (atoms) occupy squares of the universe: called 0 and 1. Atoms sharing a common square form a particle, with properties determined by its component atoms. Atoms, particles, and complexes of particles move and collide according to rules like those of classical mechanics. At a higher level of organization, the string of atoms in a particle is viewed as a program, whose execution can affect the space around the particle. The computer program (written in Turbo-Pascal language) can simulate the evolution of the universe starting from any given initial configuration of the particles. Three examples of simulations, showing the development of ordered spatial structures from initial sets of randomly distributed particles, illustrate the universe's potential in modelling various molecular processes.

摘要

本文介绍了一个计算机模拟程序以及对一个抽象二维宇宙的初步模拟结果,在这个宇宙中,生物和物理过程可以在分子层面进行建模。两种类型的永久元素(原子)占据宇宙的方格:分别称为0和1。共享同一个方格的原子形成一个粒子,其属性由组成它的原子决定。原子、粒子以及粒子复合体按照类似于经典力学的规则移动和碰撞。在更高的组织层面,粒子中的原子串被视为一个程序,其执行可以影响粒子周围的空间。该计算机程序(用Turbo-Pascal语言编写)可以从粒子的任何给定初始构型开始模拟宇宙的演化。三个模拟示例展示了从随机分布的粒子初始集合发展出有序空间结构的过程,说明了这个宇宙在模拟各种分子过程方面的潜力。

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