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蛋白质组学中的 Pyteomics--用于探索性数据分析和快速软件开发的 Python 框架。

Pyteomics--a Python framework for exploratory data analysis and rapid software prototyping in proteomics.

机构信息

Department of Physics, Massachusetts Institute of Technology, Boston, MA 02139, USA.

出版信息

J Am Soc Mass Spectrom. 2013 Feb;24(2):301-4. doi: 10.1007/s13361-012-0516-6. Epub 2013 Jan 5.

DOI:10.1007/s13361-012-0516-6
PMID:23292976
Abstract

Pyteomics is a cross-platform, open-source Python library providing a rich set of tools for MS-based proteomics. It provides modules for reading LC-MS/MS data, search engine output, protein sequence databases, theoretical prediction of retention times, electrochemical properties of polypeptides, mass and m/z calculations, and sequence parsing. Pyteomics is available under Apache license; release versions are available at the Python Package Index http://pypi.python.org/pyteomics, the source code repository at http://hg.theorchromo.ru/pyteomics, documentation at http://packages.python.org/pyteomics. Pyteomics.biolccc documentation is available at http://packages.python.org/pyteomics.biolccc/. Questions on installation and usage can be addressed to pyteomics mailing list: pyteomics@googlegroups.com.

摘要

Pyteomics 是一个跨平台的开源 Python 库,为基于 MS 的蛋白质组学提供了丰富的工具集。它提供了用于读取 LC-MS/MS 数据、搜索引擎输出、蛋白质序列数据库、保留时间的理论预测、多肽的电化学性质、质量和 m/z 计算以及序列解析的模块。Pyteomics 基于 Apache 许可证;发行版本可在 Python 包索引 http://pypi.python.org/pyteomics 上获得,源代码存储库在 http://hg.theorchromo.ru/pyteomics 上,文档在 http://packages.python.org/pyteomics 上。Pyteomics.biolccc 的文档可在 http://packages.python.org/pyteomics.biolccc/ 上获得。有关安装和使用的问题可以发送到 pyteomics 邮件列表:pyteomics@googlegroups.com。

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