• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

2ab 组装:一种用于自动化、高通量组装标准生物部件的方法。

2ab assembly: a methodology for automatable, high-throughput assembly of standard biological parts.

机构信息

Department of Bioengineering, University of California, Berkeley, CA, 94720, USA.

出版信息

J Biol Eng. 2013 Jan 10;7(1):2. doi: 10.1186/1754-1611-7-2.

DOI:10.1186/1754-1611-7-2
PMID:23305072
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC3563576/
Abstract

There is growing demand for robust DNA assembly strategies to quickly and accurately fabricate genetic circuits for synthetic biology. One application of this technology is reconstitution of multi-gene assemblies. Here, we integrate a new software tool chain with 2ab assembly and show that it is robust enough to generate 528 distinct composite parts with an error-free success rate of 96%. Finally, we discuss our findings in the context of its implications for biosafety and biosecurity.

摘要

人们对强大的 DNA 组装策略的需求日益增长,以便快速、准确地构建用于合成生物学的遗传回路。这项技术的一个应用是重新构建多基因组装。在这里,我们整合了一个新的软件工具链和 2ab 组装,并表明它具有足够的鲁棒性,可以生成 528 个不同的复合部件,无错误的成功率为 96%。最后,我们根据其对生物安全和生物安保的影响讨论了我们的发现。

https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/20205c4619ef/1754-1611-7-2-4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/ced78ea57a82/1754-1611-7-2-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/51646b3444c1/1754-1611-7-2-2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/85382ac6910d/1754-1611-7-2-3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/20205c4619ef/1754-1611-7-2-4.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/ced78ea57a82/1754-1611-7-2-1.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/51646b3444c1/1754-1611-7-2-2.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/85382ac6910d/1754-1611-7-2-3.jpg
https://cdn.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/blobs/2269/3563576/20205c4619ef/1754-1611-7-2-4.jpg

相似文献

1
2ab assembly: a methodology for automatable, high-throughput assembly of standard biological parts.2ab 组装:一种用于自动化、高通量组装标准生物部件的方法。
J Biol Eng. 2013 Jan 10;7(1):2. doi: 10.1186/1754-1611-7-2.
2
Automated assembly of standard biological parts.标准生物部件的自动化组装
Methods Enzymol. 2011;498:363-97. doi: 10.1016/B978-0-12-385120-8.00016-4.
3
BASIC: A New Biopart Assembly Standard for Idempotent Cloning Provides Accurate, Single-Tier DNA Assembly for Synthetic Biology.BASIC:一种用于幂等克隆的新型生物部件组装标准,为合成生物学提供准确的单层DNA组装。
ACS Synth Biol. 2015 Jul 17;4(7):781-7. doi: 10.1021/sb500356d. Epub 2015 Apr 16.
4
Enabling one-pot Golden Gate assemblies of unprecedented complexity using data-optimized assembly design.利用数据优化的组装设计实现前所未有的复杂程度的一锅式 Golden Gate 组装。
PLoS One. 2020 Sep 2;15(9):e0238592. doi: 10.1371/journal.pone.0238592. eCollection 2020.
5
Eugene--a domain specific language for specifying and constraining synthetic biological parts, devices, and systems.尤金--一种用于指定和约束合成生物学部分、设备和系统的领域特定语言。
PLoS One. 2011 Apr 29;6(4):e18882. doi: 10.1371/journal.pone.0018882.
6
DNA assembly for synthetic biology: from parts to pathways and beyond.DNA 组装用于合成生物学:从元件到途径及更远。
Integr Biol (Camb). 2011 Feb;3(2):109-18. doi: 10.1039/c0ib00070a. Epub 2011 Jan 19.
7
The AssemblX Toolkit for Reliable and User-Friendly Multigene Assemblies.AssemblX 工具包,用于可靠且用户友好的多基因组装。
Methods Mol Biol. 2020;2205:49-67. doi: 10.1007/978-1-0716-0908-8_3.
8
BASIC: A Simple and Accurate Modular DNA Assembly Method.BASIC:一种简单而精确的模块化 DNA 组装方法。
Methods Mol Biol. 2020;2205:239-253. doi: 10.1007/978-1-0716-0908-8_14.
9
Automated Robotic Liquid Handling Assembly of Modular DNA Devices.模块化DNA装置的自动化机器人液体处理组装
J Vis Exp. 2017 Dec 1(130):54703. doi: 10.3791/54703.
10
SEVA Linkers: A Versatile and Automatable DNA Backbone Exchange Standard for Synthetic Biology.SEVA连接体:一种用于合成生物学的通用且可自动化的DNA主链交换标准。
ACS Synth Biol. 2016 Oct 21;5(10):1177-1181. doi: 10.1021/acssynbio.5b00257. Epub 2016 Mar 4.

引用本文的文献

1
UniClo: scarless hierarchical DNA assembly without sequence constraint.UniClo:无序列限制的无痕分层DNA组装。
Nucleic Acids Res. 2025 Jun 20;53(12). doi: 10.1093/nar/gkaf548.
2
Bacterial DNA methylases as novel molecular and synthetic biology tools: recent developments.细菌DNA甲基化酶作为新型分子和合成生物学工具:最新进展
Appl Microbiol Biotechnol. 2025 Mar 6;109(1):60. doi: 10.1007/s00253-025-13442-0.
3
Methylase-assisted subcloning for high throughput BioBrick assembly.用于高通量生物砖组装的甲基化酶辅助亚克隆

本文引用的文献

1
Genetic switchboard for synthetic biology applications.用于合成生物学应用的遗传开关。
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 Apr 10;109(15):5850-5. doi: 10.1073/pnas.1203808109. Epub 2012 Mar 27.
2
Programming languages for synthetic biology.用于合成生物学的编程语言。
Syst Synth Biol. 2010 Dec;4(4):265-9. doi: 10.1007/s11693-011-9070-y. Epub 2011 Feb 20.
3
Automated assembly of standard biological parts.标准生物部件的自动化组装
PeerJ. 2020 Sep 11;8:e9841. doi: 10.7717/peerj.9841. eCollection 2020.
4
Bricks and blueprints: methods and standards for DNA assembly.砖块与蓝图:DNA 组装的方法与标准。
Nat Rev Mol Cell Biol. 2015 Sep;16(9):568-76. doi: 10.1038/nrm4014. Epub 2015 Jun 17.
5
Advances and computational tools towards predictable design in biological engineering.生物工程中可预测设计的进展与计算工具
Comput Math Methods Med. 2014;2014:369681. doi: 10.1155/2014/369681. Epub 2014 Aug 3.
6
Principles of genetic circuit design.遗传电路设计原理。
Nat Methods. 2014 May;11(5):508-20. doi: 10.1038/nmeth.2926.
Methods Enzymol. 2011;498:363-97. doi: 10.1016/B978-0-12-385120-8.00016-4.
4
A step-by-step introduction to rule-based design of synthetic genetic constructs using GenoCAD.使用GenoCAD进行基于规则的合成基因构建体设计的逐步介绍。
Methods Enzymol. 2011;498:173-88. doi: 10.1016/B978-0-12-385120-8.00008-5.
5
The Eugene language for synthetic biology.合成生物学的尤金语言。
Methods Enzymol. 2011;498:153-72. doi: 10.1016/B978-0-12-385120-8.00007-3.
6
The ribosome binding site calculator.核糖体结合位点计算器。
Methods Enzymol. 2011;498:19-42. doi: 10.1016/B978-0-12-385120-8.00002-4.
7
Eugene--a domain specific language for specifying and constraining synthetic biological parts, devices, and systems.尤金--一种用于指定和约束合成生物学部分、设备和系统的领域特定语言。
PLoS One. 2011 Apr 29;6(4):e18882. doi: 10.1371/journal.pone.0018882.
8
Standard biological parts knowledgebase.标准生物部件知识库。
PLoS One. 2011 Feb 24;6(2):e17005. doi: 10.1371/journal.pone.0017005.
9
Circular polymerase extension cloning for high-throughput cloning of complex and combinatorial DNA libraries.环形聚合酶延伸克隆技术用于高通量克隆复杂和组合 DNA 文库。
Nat Protoc. 2011 Feb;6(2):242-51. doi: 10.1038/nprot.2010.181. Epub 2011 Feb 3.
10
DNA assembly for synthetic biology: from parts to pathways and beyond.DNA 组装用于合成生物学:从元件到途径及更远。
Integr Biol (Camb). 2011 Feb;3(2):109-18. doi: 10.1039/c0ib00070a. Epub 2011 Jan 19.