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植物病原菌迪基氏菌高毒力菌株IFB0099的基因组序列草图

Draft Genome Sequence of a Highly Virulent Strain of the Plant Pathogen Dickeya solani, IFB0099.

作者信息

Golanowska M, Galardini M, Bazzicalupo M, Hugouvieux-Cotte-Pattat N, Mengoni A, Potrykus M, Slawiak M, Lojkowska E

机构信息

Department of Biotechnology, Intercollegiate Faculty of Biotechnology, University of Gdansk and Medical University of Gdansk, Gdansk, Poland.

EMBL, EBI, Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, United Kingdom.

出版信息

Genome Announc. 2015 Mar 19;3(2):e00109-15. doi: 10.1128/genomeA.00109-15.

Abstract

Dickeya solani is an important bacterial pathogen of potato cultivars in Europe. Here, we present the draft genome of D. solani strain IFB0099 isolated from potato in Poland that shows a high level of pectinolytic activity and a high virulence. This genome sequence is 5,094,121 bp and contains 4,365 protein-coding sequences.

摘要

索氏果胶杆菌是欧洲马铃薯品种的一种重要细菌病原体。在此,我们展示了从波兰马铃薯中分离出的索氏果胶杆菌菌株IFB0099的基因组草图,该菌株表现出高水平的果胶分解活性和高毒力。这个基因组序列为5,094,121碱基对,包含4,365个蛋白质编码序列。

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引用本文的文献

4
PacBio-Based Protocol for Bacterial Genome Assembly.基于 PacBio 的细菌基因组组装方案。
Methods Mol Biol. 2021;2242:3-14. doi: 10.1007/978-1-0716-1099-2_1.

本文引用的文献

1
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7
QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.QUAST:基因组组装质量评估工具。
Bioinformatics. 2013 Apr 15;29(8):1072-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btt086. Epub 2013 Feb 19.

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