• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利:CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法,用中文像聊天一样搜索,搜遍4000万医学文献。AI智能推荐,让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版,准确专业,支持PDF/Word/PPT等文件格式,支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述,25分钟生成高质量综述,智能提取关键信息,辅助科研写作。

立即免费体验

通用蛋白质数据库工具

UniProt Tools.

作者信息

Pundir Sangya, Martin Maria J, O'Donovan Claire

机构信息

European Molecular Biology Laboratory, European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI), Wellcome Trust Genome Campus, Cambridge, United Kingdom.

Swiss Institute of Bioinformatics, University Medical Center, Geneva, Switzerland.

出版信息

Curr Protoc Bioinformatics. 2016 Mar 24;53:1.29.1-1.29.15. doi: 10.1002/0471250953.bi0129s53.

DOI:10.1002/0471250953.bi0129s53
PMID:27010333
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC4941944/
Abstract

The Universal Protein Resource (UniProt) is a comprehensive resource for protein sequence and annotation data (UniProt Consortium, 2015). The UniProt Web site receives ∼400,000 unique visitors per month and is the primary means to access UniProt. Along with various datasets that you can search, UniProt provides three main tools. These are the 'BLAST' tool for sequence similarity searching, the 'Align' tool for multiple sequence alignment, and the 'Retrieve/ID Mapping' tool for using a list of identifiers to retrieve UniProtKB proteins and to convert database identifiers from UniProt to external databases or vice versa. This unit provides three basic protocols, three alternate protocols, and two support protocols for using UniProt tools.

摘要

通用蛋白质资源(UniProt)是蛋白质序列和注释数据的综合资源(UniProt联盟,2015年)。UniProt网站每月有大约40万独立访客,是访问UniProt的主要途径。除了各种可搜索的数据集外,UniProt还提供三个主要工具。它们是用于序列相似性搜索的“BLAST”工具、用于多序列比对的“Align”工具以及用于使用标识符列表检索UniProtKB蛋白质并将数据库标识符在UniProt与外部数据库之间进行转换(反之亦然)的“检索/ID映射”工具。本单元提供了使用UniProt工具的三个基本方案、三个替代方案和两个支持方案。

相似文献

1
UniProt Tools.通用蛋白质数据库工具
Curr Protoc Bioinformatics. 2016 Mar 24;53:1.29.1-1.29.15. doi: 10.1002/0471250953.bi0129s53.
2
UniProt Tools: BLAST, Align, Peptide Search, and ID Mapping.UniProt 工具:BLAST、Align、肽搜索和 ID 映射。
Curr Protoc. 2023 Mar;3(3):e697. doi: 10.1002/cpz1.697.
3
Searching and Navigating UniProt Databases.搜索和浏览通用蛋白质数据库。
Curr Protoc Bioinformatics. 2015 Jun 19;50:1.27.1-1.27.10. doi: 10.1002/0471250953.bi0127s50.
4
Searching and Navigating UniProt Databases.搜索和浏览 UniProt 数据库。
Curr Protoc. 2023 Mar;3(3):e700. doi: 10.1002/cpz1.700.
5
UniProtKB/Swiss-Prot.通用蛋白质知识库/瑞士蛋白质数据库
Methods Mol Biol. 2007;406:89-112. doi: 10.1007/978-1-59745-535-0_4.
6
UniProtKB/Swiss-Prot, the Manually Annotated Section of the UniProt KnowledgeBase: How to Use the Entry View.UniProtKB/Swiss-Prot,即UniProt知识库的人工注释部分:如何使用条目视图。
Methods Mol Biol. 2016;1374:23-54. doi: 10.1007/978-1-4939-3167-5_2.
7
Infrastructure for the life sciences: design and implementation of the UniProt website.生命科学基础设施:UniProt网站的设计与实现
BMC Bioinformatics. 2009 May 8;10:136. doi: 10.1186/1471-2105-10-136.
8
UniProt Protein Knowledgebase.通用蛋白质知识库
Methods Mol Biol. 2017;1558:41-55. doi: 10.1007/978-1-4939-6783-4_2.
9
The Universal Protein Resource (UniProt) in 2010.2010 年的通用蛋白质资源(UniProt)。
Nucleic Acids Res. 2010 Jan;38(Database issue):D142-8. doi: 10.1093/nar/gkp846. Epub 2009 Oct 20.
10
UniRef: comprehensive and non-redundant UniProt reference clusters.UniRef:全面且无冗余的UniProt参考簇。
Bioinformatics. 2007 May 15;23(10):1282-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btm098. Epub 2007 Mar 22.

引用本文的文献

1
The identification of adenylyl cyclase modulators as potential receptors for 6-nitrodopamine in human-induced pluripotent stem cell (hiPSC)-derived cardiomyocytes and their relevance in heart inotropism.在人诱导多能干细胞(hiPSC)衍生的心肌细胞中鉴定腺苷酸环化酶调节剂作为6-硝基多巴胺的潜在受体及其在心脏变力性中的相关性。
Front Pharmacol. 2025 Aug 11;16:1597035. doi: 10.3389/fphar.2025.1597035. eCollection 2025.
2
Deciphering Deleterious nsSNPs in MUC16's SEA Domain: Structural and Functional Implications in Cancer Metastasis via Computational Analysis.通过计算分析破译MUC16 SEA结构域中的有害错义单核苷酸多态性:对癌症转移的结构和功能影响
J Cell Mol Med. 2025 Jun;29(11):e70633. doi: 10.1111/jcmm.70633.
3
Integrated multi-omics analysis and functional validation uncovers RPL26 roles in regulating growth traits of Asian water buffaloes (Bubalus bubalis).综合多组学分析与功能验证揭示核糖体蛋白L26在调控亚洲水牛生长性状中的作用。
BMC Genomics. 2025 May 8;26(1):456. doi: 10.1186/s12864-025-11618-6.
4
Exploring the therapeutic potential of Thymus vulgaris ethanol extract: a computational screening for antimicrobial compounds against COVID-19 induced mucormycosis.探索百里香乙醇提取物的治疗潜力:针对新冠病毒诱导的毛霉菌病抗菌化合物的计算筛选
Sci Rep. 2025 May 7;15(1):15906. doi: 10.1038/s41598-025-00937-z.
5
Mechanisms of Total Glucosides of Paeony in Alleviating Methotrexate-Induced Liver Injury.芍药总苷减轻甲氨蝶呤所致肝损伤的机制
Drug Des Devel Ther. 2025 Apr 29;19:3407-3423. doi: 10.2147/DDDT.S521740. eCollection 2025.
6
Computational pharmacology-based molecular mechanism investigation of cinnamaldehyde intervention in nephrotic syndrome.基于计算药理学的肉桂醛干预肾病综合征分子机制研究
Naunyn Schmiedebergs Arch Pharmacol. 2025 Mar 11. doi: 10.1007/s00210-025-03925-2.
7
Valosin-containing protein (VCP), a component of tumor-derived extracellular vesicles, impairs the barrier integrity of brain microvascular endothelial cells.含缬酪肽蛋白(VCP)是肿瘤来源的细胞外囊泡的一个组成部分,它会损害脑微血管内皮细胞的屏障完整性。
BBA Adv. 2024 Dec 12;7:100130. doi: 10.1016/j.bbadva.2024.100130. eCollection 2025.
8
CLAIRE: a contrastive learning-based predictor for EC number of chemical reactions.克莱尔:一种基于对比学习的化学反应酶委员会编号预测器。
J Cheminform. 2025 Jan 7;17(1):2. doi: 10.1186/s13321-024-00944-8.
9
From Life's Essential 8 to metabolic syndrome: insights from NHANES database and network pharmacology analysis of quercetin.从生命必需的8项指标到代谢综合征:来自美国国家健康与营养检查调查(NHANES)数据库的见解以及槲皮素的网络药理学分析
Front Nutr. 2024 Oct 7;11:1452374. doi: 10.3389/fnut.2024.1452374. eCollection 2024.
10
E.PathDash, pathway activation analysis of publicly available pathogen gene expression data.E.PathDash,公开的病原体基因表达数据的途径激活分析。
mSystems. 2024 Nov 19;9(11):e0103024. doi: 10.1128/msystems.01030-24. Epub 2024 Oct 18.

本文引用的文献

1
UniProt: a hub for protein information.通用蛋白质数据库(UniProt):蛋白质信息中心。
Nucleic Acids Res. 2015 Jan;43(Database issue):D204-12. doi: 10.1093/nar/gku989. Epub 2014 Oct 27.
2
A comprehensive protein-centric ID mapping service for molecular data integration.综合性蛋白质中心 ID 映射服务,用于分子数据整合。
Bioinformatics. 2011 Apr 15;27(8):1190-1. doi: 10.1093/bioinformatics/btr101.
3
Finding homologs in amino acid sequences using network BLAST searches.使用网络BLAST搜索在氨基酸序列中寻找同源物。
Curr Protoc Bioinformatics. 2009 Mar;Chapter 3:3.4.1-3.4.34. doi: 10.1002/0471250953.bi0304s25.
4
An overview of multiple sequence alignment.多序列比对概述。
Curr Protoc Bioinformatics. 2003 Nov;Chapter 3:3.7.1-3.7.26. doi: 10.1002/0471250953.bi0307s03.