Carretero-Paulet Lorenzo, Albert Victor A
Department of Plant Systems Biology, VIB, Ghent University, Technologiepark 927, 9052, Ghent, Belgium.
Department of Biological Sciences, SUNY-University at Buffalo, 109 Cooke Hall, Buffalo, NY, 14260-4610, USA.
Methods Mol Biol. 2016;1450:273-84. doi: 10.1007/978-1-4939-3759-2_22.
Molecular evolutionary analysis of gene families commonly involves a sequence of steps including multiple sequence alignment (MSA) and reconstructing phylogenetic trees, using any of the multiple algorithms available. SeaView is a multiplatform program that integrates different methods for performing the above tasks, and others, within a friendly and simple-to-use graphical user interface (Gouy et al. Mol Biol Evol 27(2):221-224, 2010). By using SeaView, we will investigate the evolutionary relationships among SAE1 genes in Brassicaceae species by means of two alternative methods of phylogenetic reconstruction: Maximum Likelihood (ML) and Neighbor-Joining (NJ). Prior to ML phylogenetic analysis (Guindon and Gascuel. Syst Biol 52(5):696-704, 2003), we will use ProtTest to select the best-fit evolutionary model of amino acid substitution for the MSA of SAE1 proteins (Abascal et al. Bioinformatics 21(9):2104-2105, 2005).
基因家族的分子进化分析通常包括一系列步骤，其中包括多序列比对（MSA）以及使用多种可用算法中的任何一种来重建系统发育树。SeaView是一个多平台程序，它在友好且易于使用的图形用户界面中集成了执行上述任务及其他任务的不同方法（古伊等人，《分子生物学与进化》27(2):221 - 224，2010年）。通过使用SeaView，我们将借助两种系统发育重建的替代方法：最大似然法（ML）和邻接法（NJ），来研究十字花科物种中SAE1基因之间的进化关系。在进行最大似然系统发育分析之前（吉东和加斯奎尔，《系统生物学》52(5):696 - 704，2003年），我们将使用ProtTest为SAE1蛋白的多序列比对选择最佳拟合的氨基酸替代进化模型（阿巴斯卡尔等人，《生物信息学》21(9):2104 - 2105，2005年）。
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