Suppr超能文献

具有强效抗菌活性的潜在益生菌10CH的全基因组序列

Complete Genome Sequence of 10CH, a Potential Probiotic Lactic Acid Bacterium with Potent Antimicrobial Activity.

作者信息

El Halfawy Nancy M, El-Naggar Moustafa Y, Andrews Simon C

机构信息

Department of Botany and Microbiology, Faculty of Science, University of Alexandria, Alexandria, Egypt.

School of Biological Sciences, University of Reading, Reading, United Kingdom.

出版信息

Genome Announc. 2017 Nov 30;5(48):e01398-17. doi: 10.1128/genomeA.01398-17.

Abstract

10CH is a bacteriocin-producing potential probiotic lactic acid bacterium (LAB) strain isolated from cheese. Its complete nucleotide sequence shows a single circular chromosome of 3.3 Mb, with a G+C content of 44.51%, a 25-gene plantaricin bacteriocin gene cluster, and the absence of recognized virulence factors.

摘要

10CH是从奶酪中分离出的一种具有产生细菌素潜力的益生菌乳酸菌(LAB)菌株。其完整的核苷酸序列显示有一条3.3兆碱基的单环状染色体,G+C含量为44.51%,有一个由25个基因组成的植物乳杆菌细菌素基因簇,且不存在公认的毒力因子。

相似文献

引用本文的文献

本文引用的文献

1
NCBI prokaryotic genome annotation pipeline.美国国立生物技术信息中心原核生物基因组注释管道
Nucleic Acids Res. 2016 Aug 19;44(14):6614-24. doi: 10.1093/nar/gkw569. Epub 2016 Jun 24.
3
Trimmomatic: a flexible trimmer for Illumina sequence data.Trimmomatic:一款适用于 Illumina 测序数据的灵活修剪工具。
Bioinformatics. 2014 Aug 1;30(15):2114-20. doi: 10.1093/bioinformatics/btu170. Epub 2014 Apr 1.
4
PATRIC, the bacterial bioinformatics database and analysis resource.PATRIC,细菌生物信息学数据库和分析资源。
Nucleic Acids Res. 2014 Jan;42(Database issue):D581-91. doi: 10.1093/nar/gkt1099. Epub 2013 Nov 12.
5
QUAST: quality assessment tool for genome assemblies.QUAST:基因组组装质量评估工具。
Bioinformatics. 2013 Apr 15;29(8):1072-5. doi: 10.1093/bioinformatics/btt086. Epub 2013 Feb 19.
8
PHAST: a fast phage search tool.PHAST:一种快速噬菌体搜索工具。
Nucleic Acids Res. 2011 Jul;39(Web Server issue):W347-52. doi: 10.1093/nar/gkr485. Epub 2011 Jun 14.
9
Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform.使用Burrows-Wheeler变换进行快速准确的短读比对。
Bioinformatics. 2009 Jul 15;25(14):1754-60. doi: 10.1093/bioinformatics/btp324. Epub 2009 May 18.
10
Probiotics and immune response.益生菌与免疫反应。
Am J Gastroenterol. 2000 Jan;95(1 Suppl):S22-5. doi: 10.1016/s0002-9270(99)00813-8.

文献AI研究员

20分钟写一篇综述,助力文献阅读效率提升50倍。

立即体验

用中文搜PubMed

大模型驱动的PubMed中文搜索引擎

马上搜索

文档翻译

学术文献翻译模型,支持多种主流文档格式。

立即体验