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比奇生命科学:药物发现中分子动力学及相关方法的新套件。

BiKi Life Sciences: A New Suite for Molecular Dynamics and Related Methods in Drug Discovery.

机构信息

Computational Sciences, Istituto Italiano di Tecnologia , Via Morego 30, 16163 Genova, Italy.

BiKi Technologies s.r.l , Via XX Settembre, n. 33/10, 16121 Genova, Italy.

出版信息

J Chem Inf Model. 2018 Feb 26;58(2):219-224. doi: 10.1021/acs.jcim.7b00680. Epub 2018 Jan 31.

DOI:10.1021/acs.jcim.7b00680
PMID:29338240
Abstract

In this paper, we introduce the BiKi Life Sciences suite. This software makes it easy for computational medicinal chemists to run ad hoc molecular dynamics protocols in a novel and task-oriented environment; as a notebook, BiKi (acronym of Binding Kinetics) keeps memory of any activity together with dependencies among them. It offers unique accelerated protein-ligand binding/unbinding methods and other useful tools to gain actionable knowledge from molecular dynamics simulations and to simplify the drug discovery process.

摘要

在本文中,我们介绍了 BiKi 生命科学套件。这款软件为计算药物化学家提供了一个新颖的、面向任务的环境,使他们能够轻松运行特定的分子动力学协议;作为一个笔记本,BiKi(Binding Kinetics 的缩写)保留了任何活动及其之间的依赖关系的记忆。它提供了独特的加速蛋白质-配体结合/解吸方法和其他有用的工具,可从分子动力学模拟中获取可操作的知识,并简化药物发现过程。

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