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一组用于高效鉴定马铃薯（）品种的四核苷酸核心基序SSR标记。

A set of tetra-nucleotide core motif SSR markers for efficient identification of potato () cultivars.

作者信息

Kishine Masahiro, Tsutsumi Katsuji, Kitta Kazumi

机构信息

Food Research Institute, NARO, 2-1-12 Kannondai, Tsukuba, Ibaraki 305-8642, Japan.

Yamazaki Biscuits Co., Ltd., 1-26-2, Nishishinjuku Shinjuku-Ku, Tokyo 163-0540, Japan.

出版信息

Breed Sci. 2017 Dec;67(5):544-547. doi: 10.1270/jsbbs.17066. Epub 2017 Nov 16.

DOI:10.1270/jsbbs.17066
PMID:29398950
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5790051/
Abstract

Simple sequence repeat (SSR) is a popular tool for individual fingerprinting. The long-core motif (e.g. tetra-, penta-, and hexa-nucleotide) simple sequence repeats (SSRs) are preferred because they make it easier to separate and distinguish neighbor alleles. In the present study, a new set of 8 tetra-nucleotide SSRs in potato () is reported. By using these 8 markers, 72 out of 76 cultivars obtained from Japan and the United States were clearly discriminated, while two pairs, both of which arose from natural variation, showed identical profiles. The combined probability of identity between two random cultivars for the set of 8 SSR markers was estimated to be 1.10 × 10, confirming the usefulness of the proposed SSR markers for fingerprinting analyses of potato.

摘要

简单序列重复（SSR）是用于个体指纹识别的常用工具。长核心基序（例如四、五和六核苷酸）简单序列重复（SSR）更受青睐，因为它们更容易分离和区分相邻等位基因。在本研究中，报道了一组新的马铃薯（）中的8个四核苷酸SSR。使用这8个标记，从日本和美国获得的76个品种中的72个被清晰区分，而两对均源于自然变异的品种显示出相同的图谱。8个SSR标记对两个随机品种之间的联合识别概率估计为1.10×10，证实了所提出的SSR标记用于马铃薯指纹分析的有用性。