• 文献检索
  • 文档翻译
  • 深度研究
  • 学术资讯
  • Suppr Zotero 插件Zotero 插件
  • 邀请有礼
  • 套餐&价格
  • 历史记录
应用&插件
Suppr Zotero 插件Zotero 插件浏览器插件Mac 客户端Windows 客户端微信小程序
定价
高级版会员购买积分包购买API积分包
服务
文献检索文档翻译深度研究API 文档MCP 服务
关于我们
关于 Suppr公司介绍联系我们用户协议隐私条款
关注我们

Suppr 超能文献

核心技术专利：CN118964589B侵权必究
粤ICP备2023148730 号-1Suppr @ 2026

文献检索

告别复杂PubMed语法，用中文像聊天一样搜索，搜遍4000万医学文献。AI智能推荐，让科研检索更轻松。

立即免费搜索

文件翻译

保留排版，准确专业，支持PDF/Word/PPT等文件格式，支持 12+语言互译。

免费翻译文档

深度研究

AI帮你快速写综述，25分钟生成高质量综述，智能提取关键信息，辅助科研写作。

立即免费体验

从土壤中分离得到的[具体物种名称]菌株NC02的全基因组序列 。（你提供的原文中“sp.”处缺少具体物种名称）

Complete Genome Sequence of sp. Strain NC02, Isolated from Soil.

作者信息

Cerra Joseph, Donohue Hailey, Kral Alexander, Oser Molly, Rostkowski Laura, Zappia Luke, Williams Laura E

机构信息

Department of Biology, Providence College, Providence, Rhode Island, USA.

Department of Biology, Providence College, Providence, Rhode Island, USA

出版信息

Genome Announc. 2018 Feb 15;6(7):e00033-18. doi: 10.1128/genomeA.00033-18.

DOI:10.1128/genomeA.00033-18
PMID:29449381
原文链接:https://pmc.ncbi.nlm.nih.gov/articles/PMC5814507/
Abstract

We report here the complete genome sequence of sp. strain NC02, isolated from soil in eastern Massachusetts. We assembled PacBio reads into a single closed contig with 132× mean coverage and then polished this contig using Illumina MiSeq reads, yielding a 6,890,566-bp sequence with 61.1% GC content.

摘要

我们在此报告从马萨诸塞州东部土壤中分离出的菌株NC02的完整基因组序列。我们将PacBio测序读数组装成一个平均覆盖度为132倍的单一闭合重叠群，然后使用Illumina MiSeq测序读数对该重叠群进行优化，得到一个长度为6,890,566 bp、GC含量为61.1%的序列。

相似文献

1
Complete Genome Sequence of sp. Strain NC02, Isolated from Soil.从土壤中分离得到的[具体物种名称]菌株NC02的全基因组序列 。（你提供的原文中“sp.”处缺少具体物种名称）
Genome Announc. 2018 Feb 15;6(7):e00033-18. doi: 10.1128/genomeA.00033-18.
2
Complete Genome Sequence of ML35.ML35的全基因组序列
Genome Announc. 2018 Feb 15;6(7):e00034-18. doi: 10.1128/genomeA.00034-18.
3
Complete Genome Sequence of Strain ABC1, Isolated from Soil.从土壤中分离出的ABC1菌株的全基因组序列
Microbiol Resour Announc. 2020 Sep 24;9(39):e00775-20. doi: 10.1128/MRA.00775-20.
4
An evaluation of the PacBio RS platform for sequencing and de novo assembly of a chloroplast genome.评价 PacBio RS 平台在叶绿体基因组测序和从头组装方面的应用。
BMC Genomics. 2013 Oct 1;14:670. doi: 10.1186/1471-2164-14-670.
5
Complete Genome Sequence of sp. Strain L3-i23 Isolated from Soil in Japan.从日本土壤中分离出的sp. 菌株L3-i23的全基因组序列
Microbiol Resour Announc. 2022 Nov 17;11(11):e0081522. doi: 10.1128/mra.00815-22. Epub 2022 Oct 17.
6
Complete Genome Sequence of sp. Strain SGAir0471, Isolated from Singapore Air Samples.从新加坡空气样本中分离出的 sp. 菌株 SGAir0471 的全基因组序列
Microbiol Resour Announc. 2019 Nov 21;8(47):e00960-19. doi: 10.1128/MRA.00960-19.
7
The Streptomyces leeuwenhoekii genome: de novo sequencing and assembly in single contigs of the chromosome, circular plasmid pSLE1 and linear plasmid pSLE2.利文胡克链霉菌基因组：染色体、环状质粒pSLE1和线性质粒pSLE2的单重叠群从头测序与组装。
BMC Genomics. 2015 Jun 30;16(1):485. doi: 10.1186/s12864-015-1652-8.
8
PacBio Long Reads Improve Metagenomic Assemblies, Gene Catalogs, and Genome Binning.PacBio长读长技术改进宏基因组组装、基因目录构建和基因组分箱。
Front Genet. 2020 Sep 8;11:516269. doi: 10.3389/fgene.2020.516269. eCollection 2020.
9
Complete Genome Sequence of sp. Strain L3-i22, Isolated from Soil in Japan.从日本土壤中分离出的[具体物种名称]菌株L3-i22的全基因组序列 。 （你原文中“sp.”处应该有具体物种名称未给出完整哦）
Microbiol Resour Announc. 2021 Oct 21;10(42):e0079821. doi: 10.1128/MRA.00798-21.
10
Performance comparison of second- and third-generation sequencers using a bacterial genome with two chromosomes.使用具有两条染色体的细菌基因组对第二代和第三代测序仪进行性能比较。
BMC Genomics. 2014 Aug 21;15(1):699. doi: 10.1186/1471-2164-15-699.

引用本文的文献

1
Parallel Evolution in Predatory sp. NC01 during Long-Term Coculture with a Single Prey Strain.捕食性 sp. NC01 在与单一猎物菌株长期共培养过程中的平行进化。
Appl Environ Microbiol. 2023 Jan 31;89(1):e0177622. doi: 10.1128/aem.01776-22. Epub 2023 Jan 4.
2
Molecular characterization of Pseudomonas from Agaricus bisporus caps reveal novel blotch pathogens in Western Europe.来自双孢蘑菇菌盖的假单胞菌的分子特征揭示了西欧新的斑点病原菌。
BMC Genomics. 2020 Jul 22;21(1):505. doi: 10.1186/s12864-020-06905-3.
3
Variation in genome content and predatory phenotypes between sp. NC01 isolated from soil and type strain HD100.从土壤中分离的 sp. NC01 与模式株 HD100 之间基因组内容和捕食表型的差异。
Microbiology (Reading). 2019 Dec;165(12):1315-1330. doi: 10.1099/mic.0.000861. Epub 2019 Oct 8.

本文引用的文献

1
Prey Range and Genome Evolution of Predatory Bacteria from an Estuary.河口捕食性细菌的猎物范围与基因组进化
mSphere. 2018 Jan 10;3(1). doi: 10.1128/mSphere.00508-17. eCollection 2018 Jan-Feb.
2
Discovery, research, and development of new antibiotics: the WHO priority list of antibiotic-resistant bacteria and tuberculosis.发现、研究和开发新抗生素：世界卫生组织抗微生物药物耐药性和结核病优先病原体清单。
Lancet Infect Dis. 2018 Mar;18(3):318-327. doi: 10.1016/S1473-3099(17)30753-3. Epub 2017 Dec 21.
3
The current status on the taxonomy of Pseudomonas revisited: An update.重新审视假单胞菌分类学的现状：更新。
Infect Genet Evol. 2018 Jan;57:106-116. doi: 10.1016/j.meegid.2017.10.026. Epub 2017 Nov 2.
4
Pilon: an integrated tool for comprehensive microbial variant detection and genome assembly improvement.Pilon：一种用于全面微生物变异检测和基因组组装改进的集成工具。
PLoS One. 2014 Nov 19;9(11):e112963. doi: 10.1371/journal.pone.0112963. eCollection 2014.
5
Nonhybrid, finished microbial genome assemblies from long-read SMRT sequencing data.非杂交、基于长读长 SMRT 测序数据的完成微生物基因组组装。
Nat Methods. 2013 Jun;10(6):563-9. doi: 10.1038/nmeth.2474. Epub 2013 May 5.
6
SolexaQA: At-a-glance quality assessment of Illumina second-generation sequencing data.SolexaQA：快速评估 Illumina 第二代测序数据的质量。
BMC Bioinformatics. 2010 Sep 27;11:485. doi: 10.1186/1471-2105-11-485.
7
The Sequence Alignment/Map format and SAMtools.序列比对/映射格式和 SAMtools。
Bioinformatics. 2009 Aug 15;25(16):2078-9. doi: 10.1093/bioinformatics/btp352. Epub 2009 Jun 8.
8
Fast and accurate short read alignment with Burrows-Wheeler transform.使用Burrows-Wheeler变换进行快速准确的短读比对。
Bioinformatics. 2009 Jul 15;25(14):1754-60. doi: 10.1093/bioinformatics/btp324. Epub 2009 May 18.
9
Gepard: a rapid and sensitive tool for creating dotplots on genome scale.Gepard：一种在基因组规模上创建点阵图的快速且灵敏的工具。
Bioinformatics. 2007 Apr 15;23(8):1026-8. doi: 10.1093/bioinformatics/btm039. Epub 2007 Feb 19.
10
EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite.EMBOSS：欧洲分子生物学开放软件套件。
Trends Genet. 2000 Jun;16(6):276-7. doi: 10.1016/s0168-9525(00)02024-2.